Amelie Stein

Publikation

Publikationer pr. år 2010 2020 2021 2023 2024 2024

• 1455 Citationer
• 31 Tidsskriftartikel
• 4 Review
• 3 Bidrag til bog/antologi
• 1 Rapport
• 2 Mere
  • 1 Kommentar/debat
  • 1 Leder

Publikationer pr. år

Publikationer pr. år

Søgeresultater

• 2024

  A mutational atlas for Parkin proteostasis

  Clausen, L., Voutsinos, V., Cagiada, M., Johansson, K. E., Grønbæk-Thygesen, M., Nariya, S., Powell, R. L., Have, M. K. N., Oestergaard, V. H., Stein, A., Fowler, D. M., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 17 s., 1541.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  14 Downloads (Pure)

• Characterizing glucokinase variant mechanisms using a multiplexed abundance assay

  Gersing, S., Schulze, T. K., Cagiada, M., Stein, A., Roth, F. P., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2024, I: Genome Biology. 25, 1, 22 s., 98.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  12 Downloads (Pure)

• Computational methods for protein design

  Ferruz, N. & Stein, A., 2024, I: Protein Engineering, Design and Selection. 37, 2 s., gzae011.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning › peer review

• Deep mutational scanning reveals a correlation between degradation and toxicity of thousands of aspartoacylase variants

  Grønbæk-Thygesen, M., Voutsinos, V., Johansson, K. E., Schulze, T. K., Cagiada, M., Pedersen, L., Clausen, L., Nariya, S., Powell, R. L., Stein, A., Fowler, D. M., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 18 s., 4026.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  1 Citationer (Scopus)

  5 Downloads (Pure)

• MutationExplorer: a webserver for mutation of proteins and 3D visualization of energetic impacts

  Philipp, M., Moth, C. W., Ristic, N., Tiemann, J. K. S., Seufert, F., Panfilova, A., Meiler, J., Hildebrand, P. W., Stein, A., Wiegreffe, D. & Staritzbichler, R., 2024, I: Nucleic Acids Research. 52, W1, s. W132–W139 8 s., gkae301.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  3 Downloads (Pure)
• 2023

  Accurate protein stability predictions from homology models

  Valanciute, A., Nygaard, L., Zschach, H., Maglegaard Jepsen, M., Lindorff-Larsen, K. & Stein, A., 2023, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 21, s. 66-73 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  8 Citationer (Scopus)

  91 Downloads (Pure)

• A comprehensive map of human glucokinase variant activity

  Gersing, S., Cagiada, M., Gebbia, M., Gjesing, A. P., Coté, A. G., Seesankar, G., Li, R., Tabet, D., Weile, J., Stein, A., Gloyn, A. L., Hansen, T., Roth, F. P., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 23 s., 97.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  10 Citationer (Scopus)

  55 Downloads (Pure)

• Discovering functionally important sites in proteins

  Cagiada, M., Bottaro, S., Lindemose, S., Schenstrøm, S. M., Stein, A., Hartmann-Petersen, R. & Lindorff-Larsen, K., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 13 s., 4175.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  17 Citationer (Scopus)

  32 Downloads (Pure)

• HSP70-binding motifs function as protein quality control degrons

  Abildgaard, A. B., Voutsinos, V., Petersen, S. D., Larsen, F. B., Kampmeyer, C., Johansson, K. E., Stein, A., Ravid, T., Andréasson, C., Jensen, M. K., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2023, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 80, 1, 17 s., 32.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  10 Citationer (Scopus)

  31 Downloads (Pure)

• Interpreting the molecular mechanisms of disease variants in human transmembrane proteins

  Tiemann, J. K. S., Zschach, H., Lindorff-Larsen, K. & Stein, A., 2023, I: Biophysical Journal. 122, 11, 16 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  7 Citationer (Scopus)

• Lynch syndrome, molecular mechanisms and variant classification

  Abildgaard, A. B., Nielsen, S., Bernstein, I., Stein, A., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2023, I: British Journal of Cancer. 128, 9 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › peer review

  Fil
  11 Citationer (Scopus)

• Mind the gap

  Larsen-Ledet, S. & Stein, A., 2023, I: Structure. 31, 6, s. 641-643 3 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › peer review

• Rapid protein stability prediction using deep learning representations

  Blaabjerg, L. M., Kassem, M. M., Good, L. L., Jonsson, N., Cagiada, M., Johansson, K. E., Boomsma, W., Stein, A. & Lindorff-Larsen, K., 2023, I: eLife. 12, 19 s., e82593.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  29 Citationer (Scopus)

  30 Downloads (Pure)

• Rare Catechol-O-methyltransferase Missense Variants Are Structurally Unstable Proteasome Targets

  Larsen, F. B., Cagiada, M., Dideriksen, J., Stein, A., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2023, I: Biochemistry. 62, 8, 12 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  2 Citationer (Scopus)
• 2022

  A structural biology community assessment of AlphaFold2 applications

  Akdel, M., Pires, D. E., Porta Pardo, E., Jänes, J., Zalevsky, A. O., Meszaros, B., Bryant, P., Good, L. L., Laskowski, R. A., Pozzati, G., Shenoy, A., Zhu, W., Kundrotas, P., Serra, V. R., Rodrigues, C. H. M., Dunham, A. S., Burke, D., Borkakoti, N., Velankar, S., Frost, A. & 14 flere, Basquin, J., Lindorff-Larsen, K., Bateman, A., Kajava, A., Valencia, A., Ovchinnikov, S., Durairaj, J., Ascher, D. B., Thornton, J. M., Davey, N. E., Stein, A., Elofsson, A., Croll, T. & Beltrao, P., 2022, I: Nature Structural & Molecular Biology. 29, 11, 16 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  232 Citationer (Scopus)

  14 Downloads (Pure)

• Co-evolution of drug resistance and broadened substrate recognition in HIV protease variants isolated from an Escherichia coli genetic selection system

  Koivisto, J. M., Poulsen, N. R., Larsen, B. S., Weibull, M. G. M., Stein, A., Doro, F., Winther, J. R., Lindorff-Larsen, K. & Willemoës, M., 2022, I: The Biochemical journal. 479, 4, s. 479-501

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  1 Citationer (Scopus)

• Disease-linked mutations cause exposure of a protein quality control degron

  Kampmeyer, C., Larsen-Ledet, S., Wagnkilde, M. R., Michelsen, M., Iversen, H. K. M., Nielsen, S. V., Lindemose, S., Caregnato, A., Ravid, T., Stein, A., Teilum, K., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2022, I: Structure. 30, 9, s. 1245-1253.e5

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  13 Citationer (Scopus)

• Predicting and interpreting large-scale mutagenesis data using analyses of protein stability and conservation

  Høie, M. H., Cagiada, M., Frederiksen, A. H. B., Stein, A. & Lindorff-Larsen, K., 2022, I: Cell Reports. 38, 2, 15 s., 110207.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  32 Downloads (Pure)
• 2021

  Disorder in a two-domain neuronal Ca²⁺-binding protein regulates domain stability and dynamics using ligand mimicry

  Staby, L., Kemplen, K. R., Stein, A., Ploug, M., Clarke, J., Skriver, K., Heidarsson, P. O. & Kragelund, B. B., 2021, I: Cellular and molecular life sciences : CMLS. 78, s. 2263-2278 16 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  4 Citationer (Scopus)

  38 Downloads (Pure)

• Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks

  Koehler Leman, J., Lyskov, S., Lewis, S. M., Adolf-Bryfogle, J., Alford, R. F., Barlow, K., Ben-Aharon, Z., Farrell, D., Fell, J., Hansen, W. A., Harmalkar, A., Jeliazkov, J., Kuenze, G., Krys, J. D., Ljubetič, A., Loshbaugh, A. L., Maguire, J., Moretti, R., Mulligan, V. K., Nance, M. L. & 30 flere, Nguyen, P. T., Ó Conchúir, S., Roy Burman, S. S., Samanta, R., Smith, S. T., Teets, F., Tiemann, J. K. S., Watkins, A., Woods, H., Yachnin, B. J., Bahl, C. D., Bailey-Kellogg, C., Baker, D., Das, R., DiMaio, F., Khare, S. D., Kortemme, T., Labonte, J. W., Lindorff-Larsen, K., Meiler, J., Schief, W., Schueler-Furman, O., Siegel, J. B., Stein, A., Yarov-Yarovoy, V., Kuhlman, B., Leaver-Fay, A., Gront, D., Gray, J. J. & Bonneau, R., 2021, I: Nature Communications. 12, 15 s., 6947.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  11 Citationer (Scopus)

  14 Downloads (Pure)

• Mapping the degradation pathway of a disease-linked aspartoacylase variant

  Gersing, S. K., Wang, Y., Grønbæk-Thygesen, M., Kampmeyer, C., Clausen, L., Willemoës, M., Andréasson, C., Stein, A., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2021, I: PLOS Genetics. 17, 4, 28 s., e1009539.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  12 Citationer (Scopus)

  31 Downloads (Pure)

• Multiplexed assays reveal effects of missense variants in MSH2 and cancer predisposition

  Nielsen, S. V., Hartmann-Petersen, R., Stein, A. & Lindorff-Larsen, K., 2021, I: PLOS Genetics. 17, 4, 6 s., e1009496.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  8 Citationer (Scopus)

  20 Downloads (Pure)

• Understanding the Origins of Loss of Protein Function by Analyzing the Effects of Thousands of Variants on Activity and Abundance

  Cagiada, M., Johansson, K. E., Valanciute, A., Nielsen, S. V., Hartmann-Petersen, R., Yang, J. J., Fowler, D. M., Stein, A. & Lindorff-Larsen, K., 2021, I: Molecular Biology and Evolution. 38, 8, s. 3235-3246

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  45 Citationer (Scopus)

  48 Downloads (Pure)
• 2020

  24 Messages on a Sustainable Career in Research at UCPH

  Larsen, K. R. (red.), Wegener, H. C., Stein, A., Bach, A., Williams, A. R., Gall, C., Gravert, C., Gloriam, D. E., Lorenzen, E., Yvanez, E., Cappellini, E., Poulsen, F., Mortensen, J., Bentzen, J. S., Shik, J. Z., Miskowiak, K. W., Elgaard, K. K. E., Jønsson, K. A., Won, K. J., Nørgaard, L. C. & 9 flere, Cantarero Arevalo, L., Kristiansen, M., Lund, M. N., Borregaard, M. K., Høyland-Kroghsbo, N. M., Iversen, R., Viskum, U., Nosch, M. L. B. & Hjorth, J., 2020, University of Copenhagen. 31 s.

  Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Rapport › Formidling

  Fil
  167 Downloads (Pure)

• Classifying disease-associated variants using measures of protein activity and stability

  Jepsen, M. M., Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, R., Stein, A. & Lindorff-Larsen, K., 2020, Protein Homeostasis Diseases: Mechanisms and Novel Therapies. Pey, A. L. (red.). Elsevier, s. 91-107

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review
  15 Citationer (Scopus)

• Co-Chaperones in Targeting and Delivery of Misfolded Proteins to the 26S Proteasome

  Abildgaard, A. B., Gersing, S. K., Larsen-Ledet, S., Nielsen, S. V., Stein, A., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2020, I: Biomolecules. 10, 8, 24 s., 1141.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  25 Citationer (Scopus)

  115 Downloads (Pure)

• Folliculin variants linked to Birt-Hogg-Dubé syndrome are targeted for proteasomal degradation

  Clausen, L., Stein, A., Grønbæk-Thygesen, M., Nygaard, L., Søltoft, C. L., Nielsen, S. V., Lisby, M., Ravid, T., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2020, I: PLOS Genetics. 16, 11, 28 s., e1009187.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  18 Citationer (Scopus)

  54 Downloads (Pure)

• Novel HARS2 missense variants identified in individuals with sensorineural hearing impairment and Perrault syndrome

  Karstensen, H. G., Rendtorff, N. D., Hindbæk, L. S., Colombo, R., Stein, A., Birkebæk, N. H., Hartmann-Petersen, R., Lindorff-Larsen, K., Højland, A. T., Petersen, M. B. & Tranebjærg, L., 2020, I: European Journal of Medical Genetics. 63, 3, 6 s., 103733.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  11 Citationer (Scopus)

• Protein destabilization and degradation as a mechanism for hereditary disease

  Nielsen, S. V., Schenstrøm, S. M., Christensen, C. E., Stein, A., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2020, Protein Homeostasis Diseases: Mechanisms and Novel Therapies. Pey, A. L. (red.). Elsevier, s. 111-125

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review
  3 Citationer (Scopus)
• 2019

  Biophysical and Mechanistic Models for Disease-Causing Protein Variants

  Stein, A., Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, R. & Lindorff-Larsen, K., 2019, I: Trends in Biochemical Sciences. 44, 7, s. 575-588

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › peer review

  Åben adgang
  101 Citationer (Scopus)

• Computational and cellular studies reveal structural destabilization and degradation of MLH1 variants in Lynch syndrome

  Abildgaard, A. B., Stein, A., Nielsen, S. V., Schultz-Knudsen, K., Papaleo, E., Shrikhande, A., Hoffmann, E. R., Bernstein, I., Gerdes, A-M., Takahashi, M., Ishioka, C., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2019, I: eLife. 8, 28 s., e49138 .

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  39 Citationer (Scopus)

  183 Downloads (Pure)

• Protein stability and degradation in health and disease

  Clausen, L., Abildgaard, A. B., Gersing, S. K., Stein, A., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2019, Molecular Chaperones in Human Disorders. Donev, R. (red.). Academic Press, s. 61-83 (Advances in Protein Chemistry and Structural Biology, Bind 114).

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review
  32 Citationer (Scopus)

• Toward mechanistic models for genotype-phenotype correlations in phenylketonuria using protein stability calculations

  Scheller, R., Stein, A., Nielsen, S. V., Marin, F. I., Gerdes, A-M., Di Marco, M., Papaleo, E., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 2019, I: Human Mutation. 40, 4, s. 444-457

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  43 Citationer (Scopus)
• 2018

  Random mutagenesis analysis of the Influenza A M2 proton channel reveals novel resistance mutants

  Santner, P., Martins, J. M. D. S., Kampmeyer, C., Hartmann-Petersen, R., Laursen, J. S., Stein, A., Olsen, C. A., Arkin, I. T., Winther, J. R., Willemoës, M. & Lindorff-Larsen, K., 2018, I: Biochemistry. 57, 41, s. 5957-5968

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  10 Citationer (Scopus)
• 2017

  Blocking protein quality control to counter hereditary cancers

  Kampmeyer, C., Nielsen, S. V., Clausen, L., Stein, A., Gerdes, A-M. A., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., dec. 2017, I: Genes, Chromosomes & Cancer. 56, 12, s. 823-831 9 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › peer review
  19 Citationer (Scopus)

• Predicting the impact of Lynch syndrome-causing missense mutations from structural calculations

  Nielsen, S. V., Stein, A., Dinitzen, A. B., Papaleo, E., Tatham, M. H., Poulsen, E. G., Kassem, M. M., Rasmussen, L. J., Lindorff-Larsen, K. & Hartmann-Petersen, R., 19 apr. 2017, I: PLoS Genetics. 13, 4, 26 s., e1006739.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  67 Citationer (Scopus)

  417 Downloads (Pure)
• 2015

  Combined covalent-electrostatic model of hydrogen bonding improves structure prediction with Rosetta

  O'Meara, M. J., Leaver-Fay, A., Tyka, M. D., Stein, A., Houlihan, K., DiMaio, F., Bradley, P., Kortemme, T., Baker, D., Snoeyink, J. & Kuhlman, B., 2015, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 11, 2, s. 609-622 14 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  186 Citationer (Scopus)
• 2014

  3did: a catalog of domain-based interactions of known three-dimensional structure

  Mosca, R., Céol, A., Stein, A., Olivella, R. & Aloy, P., 2014, I: Nucleic Acids Research. 42, D1, s. D374-D379

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  213 Citationer (Scopus)

  70 Downloads (Pure)
• 2013

  Improvements to robotics-inspired conformational sampling in Rosetta

  Stein, A. & Kortemme, T., 2013, I: PLoS ONE. 8, 5, s. 1-13 e63090.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  146 Citationer (Scopus)

  17 Downloads (Pure)
• 2010

  Novel peptide-mediated interactions derived from high-resolution 3-dimensional structures

  Stein, A. & Aloy, P., 20 maj 2010, I: PLOS Computational Biology. 6, 5, s. e1000789

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  56 Citationer (Scopus)

• Uncovering new substrates for Aurora A kinase

  Sardon, T., Pache, R. A., Stein, A., Molina, H., Vernos, I. & Aloy, P., 2010, I: EMBO Reports. 11, 12, s. 977-984 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  50 Citationer (Scopus)