Publikationer pr. år
Publikationer pr. år
Personlig profil
Kort præsentation
Lektor i Bioinformatik. Mit forsknings område er ncRNA bioinformatik. Dette kan for eksempel være: Secondær struktur forudsigelse, strukturel ncRNA alignment, forudsigelse af RNA-RNA interaktioner, og ncRNA genom annotering.
Jeg underviser primært i programmering for begyndere og bioinformatik.
Aktuel forskning
Algoritmer og forudsigelser, typisk men hensyn til ikke kodende RNA
Undervisnings- og vejledningsområder
- Bioinformatik
- ncRNA
- Programmering
Emneord
- Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet
- ncRNA
- Bioinformatik
- ikke-kodende RNA
- struktural RNA alignment
- RNA-RNA interaktion
- RNA annotation
Samarbejde og topforskningsområder i de sidste fem år
Seneste eksterne samarbejde på lande-/områdeniveau. Dyk ned i detaljerne ved at klikke på prikkerne eller
Publikation
-
The Bacillaceae-1 RNA motif comprises two distinct classes
González-Tortuero, E., Anthon, C., Havgaard, J. H., Geissler, A. S., Breüner, A., Hjort, C., Gorodkin, J. & Seemann, S. E., 2022, I: Gene. 841, 146756.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
Åben adgangFil1 Citationer (Scopus)45 Downloads (Pure) -
Using GPU to accelerate the pairwise structural RNA alignment with base pair probabilities
Sundfeld, D., Teodoro, G., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & Melo, A. C. M. A., 2020, I: Concurrency Computation. 32, 10, e5468.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
4 Citationer (Scopus) -
Epigenetic and Transcriptomic Characterization of Pure Adipocyte Fractions From Obese Pigs Identifies Candidate Pathways Controlling Metabolism
Jacobsen, M. J., Havgaard, J. H., Anthon, C., Mentzel, C. M. J., Cirera, S., Krogh, P. M., Pundhir, S., Karlskov-Mortensen, P., Bruun, C. S., Lesnik, P., Guerin, M., Gorodkin, J., Jørgensen, C. B., Fredholm, M. & Barrès, R., 2019, I: Frontiers in Genetics. 10, 13 s., 1268.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
Åben adgangFil10 Citationer (Scopus)157 Downloads (Pure) -
CRISPR-Cas9 off-targeting assessment with nucleic acid duplex energy parameters
Alkan, F., Wenzel, A., Anthon, C., Havgaard, J. H. & Gorodkin, J., 2018, I: Genome Biology. 19, 13 s., 177.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
Åben adgangFil134 Citationer (Scopus)225 Downloads (Pure) -
Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots
Kato, Y., Gorodkin, J. & Havgaard, J. H., dec. 2017, I: BMC Genomics. 18, 1, 935.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
Åben adgangFil1 Citationer (Scopus)228 Downloads (Pure) -
Assessing the miRNA sponge potential of RUNX1T1 in t(8;21) acute myeloid leukemia
Junge, A., Zandi, R., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & Cowland, J. B., 2017, I: Gene. 615, s. 35-40 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
12 Citationer (Scopus) -
CUDA-Sankoff: Using GPU to Accelerate the Pairwise Structural RNA Alignment
Sundfeld, D., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & De Melo, A. C. M. A., 2017, Proceedings: 2017 25th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing, PDP 2017. IEEE, s. 295-302 8 s. 7912663Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › peer review
5 Citationer (Scopus) -
RNAscClust: Clustering RNA sequences using structure conservation and graph based motifs
Miladi, M., Junge, A., Costa, F., Seemann, S. E., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & Backofen, R., 2017, I: Bioinformatics. 33, 14, s. 2089-2096 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
Åben adgangFil27 Citationer (Scopus)146 Downloads (Pure)
Aktiviteter
- 3 Organisation af og deltagelse i konference
-
Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
Havgaard, J. H. (Deltager)
21 jul. 2007 → 25 jul. 2007Aktivitet: Deltagelse i arrangement eller begivenhed - typer › Organisation af og deltagelse i konference
-
European Conference on Computational Biology
Havgaard, J. H. (Deltager)
21 jul. 2007 → 25 jul. 2007Aktivitet: Deltagelse i arrangement eller begivenhed - typer › Organisation af og deltagelse i konference
-
TBI Winterseminar
Havgaard, J. H. (Deltager)
18 feb. 2007 → 24 feb. 2007Aktivitet: Deltagelse i arrangement eller begivenhed - typer › Organisation af og deltagelse i konference