Konstantinos Tsirigos

Publikation

Publikationer pr. år 2008 2008 2010 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 2024

• 5580 Citationer
• 26 Tidsskriftartikel
• 2 Review
• 1 Kommentar/debat

Publikationer pr. år

Publikationer pr. år

Søgeresultater

• 2024

  The association of cardiometabolic, diet and lifestyle parameters with plasma glucagon-like peptide-1: An IMI DIRECT study

  Eriksen, R., White, M. C., Dawed, A. Y., Perez, I. G., Posma, J. M., Haid, M., Sharma, S., Prehn, C., Thomas, L. E., Koivula, R. W., Bizzotto, R., Mari, A., Giordano, G. N., Pavo, I., Schwenk, J. M., De Masi, F., Tsirigos, K. D., Brunak, S., Viñuela, A., Mahajan, A. & 26 flere, McDonald, T. J., Kokkola, T., Rutters, F., Beulens, J., Muilwijk, M., Blom, M., Elders, P., Hansen, T. H., Fernandez-Tajes, J., Jones, A., Jennison, C., Walker, M., McCarthy, M. I., Pedersen, O., Ruetten, H., Forgie, I., Holst, J. J., Thomsen, H. S., Ridderstråle, M., Bell, J. D., Adamski, J., Franks, P. W., Hansen, T., Holmes, E., Frost, G. & Pearson, E. R., 2024, I: Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism. 109, 9, s. e1697–e1707

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  4 Downloads (Pure)
• 2023

  Genetic analysis of blood molecular phenotypes reveals common properties in the regulatory networks affecting complex traits

  Brown, A. A., Fernandez-Tajes, J. J., Hong, M. G., Brorsson, C. A., Koivula, R. W., Davtian, D., Dupuis, T., Sartori, A., Michalettou, T. D., Forgie, I. M., Adam, J., Allin, K. H., Caiazzo, R., Cederberg, H., De Masi, F., Elders, P. J. M., Giordano, G. N., Haid, M., Hansen, T., Hansen, T. H. & 134 flere, Hattersley, A. T., Heggie, A. J., Howald, C., Jones, A. G., Kokkola, T., Laakso, M., Mahajan, A., Mari, A., McDonald, T. J., McEvoy, D., Mourby, M., Musholt, P. B., Nilsson, B., Pattou, F., Penet, D., Raverdy, V., Ridderstråle, M., Romano, L., Rutters, F., Sharma, S., Teare, H., ‘t Hart, L., Tsirigos, K. D., Vangipurapu, J., Vestergaard, H., Brunak, S., Franks, P. W., Frost, G., Grallert, H., Jablonka, B., McCarthy, M. I., Pavo, I., Pedersen, O., Ruetten, H., Walker, M., Adragni, K., Allesøe, R. L. L., Artati, A. A., Arumugam, M., Atabaki-Pasdar, N., Baltauss, T., Banasik, K., Barnett, A. L., Baum, P., Bell, J. D., Beulens, J. W., Bianzano, S. B., Bizzotto, R., Bonnefond, A., Cabrelli, L., Dale, M., Dawed, A. Y., de Preville, N., Dekkers, K. F., Deshmukh, H. A., Dings, C., Donnelly, L., Dutta, A., Ehrhardt, B., Engelbrechtsen, L., Eriksen, R., Fan, Y., Ferrer, J., Fitipaldi, H., Forman, A., Fritsche, A., Froguel, P., Gassenhuber, J., Gough, S., Graefe-Mody, U., Grempler, R., Groeneveld, L., Groop, L., Gudmundsdóttir, V., Gupta, R., Hennige, A. M. H., Hill, A. V., Holl, R. W., Hudson, M., Jacobsen, U. P., Jennison, C., Johansen, J., Jonsson, A., Karaderi, T., Kaye, J., Kennedy, G., Klintenberg, M., Kuulasmaa, T., Lehr, T., Loftus, H., Lundgaard, A. T. T., Mazzoni, G., McRobert, N., McVittie, I., Nice, R., Nicolay, C., Nijpels, G., Palmer, C. N., Pedersen, H. K., Perry, M. H., Pomares-Millan, H., Prehn, C. P., Ramisch, A., Rasmussen, S., Robertson, N., Rodriquez, M., Sackett, P., Scherer, N., Shah, N., Sihinevich, I., Slieker, R. C., Sondertoft, N. B., Steckel-Hamann, B., Thomas, M. K., Thomas, C. E. E., Thomas, E. L. L., Thorand, B., Thorne, C. E., Tillner, J., Tura, A., Uhlen, M., van Leeuwen, N., van Oort, S., Verkindt, H., Vogt, J., Wad Sackett, P. W., Wesolowska-Andersen, A., Whitcher, B., White, M. W., Adamski, J., Schwenk, J. M., Pearson, E. R., Dermitzakis, E. T. & Viñuela, A., 2023, I: Nature Communications. 14, 17 s., 5062.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  6 Citationer (Scopus)

  35 Downloads (Pure)
• 2022

  SignalP 6.0 predicts all five types of signal peptides using protein language models

  Teufel, F., Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Gíslason, M. H., Pihl, S. I., Tsirigos, K. D., Winther, O., Brunak, S., von Heijne, G. & Nielsen, H., 2022, I: Nature Biotechnology. 40, s. 1023-1025

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

  Åben adgang

  Fil
  976 Citationer (Scopus)

  37 Downloads (Pure)
• 2021

  Genome-Wide Association Analysis of Pancreatic Beta-Cell Glucose Sensitivity

  Deshmukh, H. A., Madsen, A. L., Viñuela, A., Have, C. T., Grarup, N., Tura, A., Mahajan, A., Heggie, A. J., Koivula, R. W., De Masi, F., Tsirigos, K. K., Linneberg, A., Drivsholm, T., Pedersen, O., Sørensen, T. I. A., Astrup, A., Gjesing, A. A. P., Pavo, I., Wood, A. R., Ruetten, H. & 14 flere, Jones, A. G., Koopman, A. D. M., Cederberg, H., Rutters, F., Ridderstrale, M., Laakso, M., McCarthy, M. I., Frayling, T. M., Ferrannini, E., Franks, P. W., Pearson, E. R., Mari, A., Hansen, T. & Walker, M., 2021, I: Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism. 106, 1, s. 80-90 11 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  7 Citationer (Scopus)

  95 Downloads (Pure)

• Processes Underlying Glycemic Deterioration in Type 2 Diabetes: An IMI DIRECT Study

  Bizzotto, R., Jennison, C., Jones, A. G., Kurbasic, A., Tura, A., Kennedy, G., Bell, J. D., Thomas, E. L., Frost, G., Eriksen, R., Koivula, R. W., Brage, S., Kaye, J., Hattersley, A. T., Heggie, A., McEvoy, D., 't Hart, L. M., Beulens, J. W., Elders, P., Musholt, P. B. & 28 flere, Ridderstrale, M., Hansen, T. H., Allin, K. H., Hansen, T., Vestergaard, H., Lundgaard, A. T., Thomsen, H. S., De Masi, F., Tsirigos, K. D., Brunak, S., Vinuela, A., Mahajan, A., McDonald, T. J., Kokkola, T., Forgie, I. M., Giordano, G. N., Pavo, I., Ruetten, H., Dermitzakis, E., McCarthy, M. I., Pedersen, O., Schwenk, J. M., Adamski, J., Franks, P. W., Walker, M., Pearson, E. R., Mari, A. & IMI-DIRECT consortium, 2021, I: Diabetes Care. 44, 2, s. 511-518 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  15 Citationer (Scopus)

• Profiles of glucose metabolism in different prediabetes phenotypes, classified by fasting glycemia, 2-hour OGTT, glycated hemoglobin, and 1-hour OGTT: An IMI DIRECT study

  Tura, A., Grespan, E., Göbl, C. S., Koivula, R. W., Franks, P. W., Pearson, E. R., Walker, M., Forgie, I. M., Giordano, G. N., Pavo, I., Ruetten, H., Dermitzakis, E. T., McCarthy, M. I., Pedersen, O., Schwenk, J. M., Adamski, J., De Masi, F., Tsirigos, K. D., Brunak, S., Viñuela, A. & 17 flere, Mahajan, A., McDonald, T. J., Kokkola, T., Vangipurapu, J., Cederberg, H., Laakso, M., Rutters, F., Elders, P. J. M., Koopman, A. D. M., Beulens, J. W., Ridderstråle, M., Hansen, T. H., Allin, K. H., Hansen, T., Vestergaard, H., Mari, A. & IMI-DIRECT consortium, 2021, I: Diabetes. 70, 6, db210227.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  21 Citationer (Scopus)

  26 Downloads (Pure)
• 2020

  Dietary metabolite profiling brings new insight into the relationship between nutrition and metabolic risk: An IMI DIRECT study

  Eriksen, R., Perez, I. G., Posma, J. M., Haid, M., Sharma, S., Prehn, C., Thomas, L. E., Koivula, R. W., Bizzotto, R., Prehn, C., Mari, A., Giordano, G. N., Pavo, I., Schwenk, J. M., De Masi, F., Tsirigos, K. D., Brunak, S., Viñuela, A., Mahajan, A., McDonald, T. J. & 18 flere, Kokkola, T., Rutter, F., Teare, H., Hansen, T. H., Fernandez, J., Jones, A., Jennison, C., Walker, M., McCarthy, M. I., Pedersen, O., Ruetten, H., Forgie, I., Bell, J. D., Pearson, E. R., Franks, P. W., Adamski, J., Holmes, E. & Frost, G., aug. 2020, I: EBioMedicine. 58, s. 102932

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  4 Citationer (Scopus)

  39 Downloads (Pure)

• Landscape of Eukaryotic Transmembrane Beta Barrel Proteins

  Roumia, A. F., Theodoropoulou, M. C., Tsirigos, K. D., Nielsen, H. & Bagos, P. G., 2020, I: Journal of Proteome Research. 19, 3, s. 1209-1221 13 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  4 Citationer (Scopus)

  12 Downloads (Pure)
• 2019

  A Brief History of Protein Sorting Prediction

  Nielsen, H., Tsirigos, K. D., Brunak, S. & von Heijne, G., 2019, I: The Protein Journal. 38, 3, s. 200-216 17 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  158 Citationer (Scopus)

  119 Downloads (Pure)

• JUCHMME: a Java Utility for Class Hidden Markov Models and Extensions for biological sequence analysis

  Tamposis, I. A., Tsirigos, K. D., Theodoropoulou, M. C., Kontou, P. I., Tsaousis, G. N., Sarantopoulou, D., Litou, Z. I. & Bagos, P. G., 15 dec. 2019, I: Bioinformatics (Online). 35, 24, s. 5309-5312 4 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  4 Citationer (Scopus)

• Semi-supervised learning of Hidden Markov Models for biological sequence analysis

  Tamposis, I. A., Tsirigos, K. D., Theodoropoulou, M. C., Kontou, P. I. & Bagos, P. G., 2019, I: Bioinformatics. 35, 13, s. 2208-2215 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  21 Citationer (Scopus)

• SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks

  Armenteros, J. J. A., Tsirigos, K., Sønderby, C. K., Petersen, T. N., Winther, O., Brunak, S., von Heijne, G. & Nielsen, H., 18 feb. 2019, I: Nature Biotechnology. 37, 4, s. 420-423

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling

  Åben adgang

  Fil
  2819 Citationer (Scopus)

  1753 Downloads (Pure)
• 2018

  Extending hidden Markov models to allow conditioning on previous observations

  Tamposis, I. A., Theodoropoulou, M. C., Tsirigos, K. D. & Bagos, P. G., 2018, I: Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 16, 5, 1850019.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  8 Citationer (Scopus)

• Topology of membrane proteins-predictions, limitations and variations

  Tsirigos, K. D., Govindarajan, S., Bassot, C., Västermark, Å., Lamb, J., Shu, N. & Elofsson, A., 2018, I: Current Opinion in Structural Biology. 50, s. 9-17 9 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › peer review
  27 Citationer (Scopus)
• 2017

  DisProt 7.0: a major update of the database of disordered proteins

  Piovesan, D., Tabaro, F., Mičetić, I., Necci, M., Quaglia, F., Oldfield, C. J., Aspromonte, M. C., Davey, N. E., Davidović, R., Dosztányi, Z., Elofsson, A., Gasparini, A., Hatos, A., Kajava, A. V., Kalmar, L., Leonardi, E., Lazar, T., Macedo-Ribeiro, S., Macossay-Castillo, M., Meszaros, A. & 20 flere, Minervini, G., Murvai, N., Pujols, J., Roche, D. B., Salladini, E., Schad, E., Schramm, A., Szabo, B., Tantos, A., Tonello, F., Tsirigos, K. D., Veljković, N., Ventura, S., Vranken, W., Warholm, P., Uversky, V. N., Dunker, A. K., Longhi, S., Tompa, P. & Tosatto, S. C. E., 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, D1, s. D219-D227

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  197 Citationer (Scopus)

  8 Downloads (Pure)

• GWAR: robust analysis and meta-analysis of genome-wide association studies

  Dimou, N. L., Tsirigos, K. D., Elofsson, A. & Bagos, P. G., 2017, I: Bioinformatics (Online). 33, 10, s. 1521-1527 7 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  9 Citationer (Scopus)
• 2016

  Improved topology prediction using the terminal hydrophobic helices rule

  Peters, C., Tsirigos, K. D., Shu, N. & Elofsson, A., 2016, I: Bioinformatics (Online). 32, 8, s. 1158-62 5 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  35 Citationer (Scopus)

• Inclusion of dyad-repeat pattern improves topology prediction of transmembrane β-barrel proteins

  Hayat, S., Peters, C., Shu, N., Tsirigos, K. D. & Elofsson, A., 2016, I: Bioinformatics (Online). 32, 10, s. 1571-1573 3 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  58 Citationer (Scopus)

• PRED-TMBB2: improved topology prediction and detection of beta-barrel outer membrane proteins

  Tsirigos, K. D., Elofsson, A. & Bagos, P. G., 2016, I: Bioinformatics (Online). 32, 17, s. i665-i671

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  62 Citationer (Scopus)
• 2015

  Creating a specialist protein resource network: a meeting report for the protein bioinformatics and community resources retreat

  Babbitt, P. C., Bagos, P. G., Bairoch, A., Bateman, A., Chatonnet, A., Chen, M. J., Craik, D. J., Finn, R. D., Gloriam, D., Haft, D. H., Henrissat, B., Holliday, G. L., Isberg, V., Kaas, Q., Landsman, D., Lenfant, N., Manning, G., Nagano, N., Srinivasan, N., O’Donovan, C. & 9 flere, Pruitt, K. D., Sowdhamini, R., Rawlings, N. D., Saier, M. H., Sharman, J. L., Spedding, M., Tsirigos, K. D., Vastermark, A. & Vriend, G., 18 maj 2015, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2015, s. 1-5 5 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  9 Citationer (Scopus)

  214 Downloads (Pure)

• The TOPCONS web server for consensus prediction of membrane protein topology and signal peptides

  Tsirigos, K. D., Peters, C., Shu, N., Käll, L. & Elofsson, A., 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, W1, s. W401-W407

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang
  659 Citationer (Scopus)
• 2014

  Large tilts in transmembrane helices can be induced during tertiary structure formation

  Virkki, M., Boekel, C., Illergård, K., Peters, C., Shu, N., Tsirigos, K. D., Elofsson, A., von Heijne, G. & Nilsson, I., 2014, I: Journal of Molecular Biology. 426, 13, s. 2529-38 10 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  5 Citationer (Scopus)
• 2012

  A guideline to proteome-wide α-helical membrane protein topology predictions

  Tsirigos, K. D., Hennerdal, A., Käll, L. & Elofsson, A., aug. 2012, I: Proteomics. 12, 14, s. 2282-94 13 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  27 Citationer (Scopus)
• 2011

  OMPdb: a database of {beta}-barrel outer membrane proteins from Gram-negative bacteria

  Tsirigos, K. D., Bagos, P. G. & Hamodrakas, S. J., jan. 2011, I: Nucleic Acids Research. 39, Database issue, s. D324-31

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  43 Citationer (Scopus)
• 2010

  Combined prediction of Tat and Sec signal peptides with hidden Markov models

  Bagos, P. G., Nikolaou, E. P., Liakopoulos, T. D. & Tsirigos, K. D., 15 nov. 2010, I: Bioinformatics (Oxford, England). 26, 22, s. 2811-7 7 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  179 Citationer (Scopus)

• ExTopoDB: a database of experimentally derived topological models of transmembrane proteins

  Tsaousis, G. N., Tsirigos, K. D., Andrianou, X. D., Liakopoulos, T. D., Bagos, P. G. & Hamodrakas, S. J., 1 okt. 2010, I: Bioinformatics (Oxford, England). 26, 19, s. 2490-2 3 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  18 Citationer (Scopus)
• 2009

  Prediction of signal peptides in archaea

  Bagos, P. G., Tsirigos, K. D., Plessas, S. K., Liakopoulos, T. D. & Hamodrakas, S. J., jan. 2009, I: Protein Engineering Design and Selection (Print). 22, 1, s. 27-35 9 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  70 Citationer (Scopus)
• 2008

  Prediction of cell wall sorting signals in gram-positive bacteria with a hidden markov model: application to complete genomes

  Litou, Z. I., Bagos, P. G., Tsirigos, K. D., Liakopoulos, T. D. & Hamodrakas, S. J., 2008, I: Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 6, 2, s. 387-401 15 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  26 Citationer (Scopus)

• Prediction of lipoprotein signal peptides in Gram-positive bacteria with a Hidden Markov Model

  Bagos, P. G., Tsirigos, K. D., Liakopoulos, T. D. & Hamodrakas, S. J., 2008, I: Journal of Proteome Research. 7, 12, s. 5082-93 12 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  113 Citationer (Scopus)