Søren S. Nielsen blev uddannet dyrlæge fra Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole i 1992-1998. In 2002 blev han ph.d. baseret på studier om fortolkning af diagnostisk information i relation til paratuberkulose hos kvæg. Han blev dr.med.vet. i 2009 baseret på studier, som dannede basis for det danske saneringsprogram vedr. paratuberkulose. 

Han er ansat som professor i sygdoms- og diagnostisk modellering ved Institut for Veterinær- og Husdyrvidenskab på Københavns Universitet, hvor han underviser i epidemiologi og laver forskning, der primært er rettet mod smitsomme sygdomme hos produktionsdyr. Han har publiceret >180 fagfællebedømte artikler i internationale tidsskrifter sammen med mere end 80 faglige artikler og et større antal bidrag til konferencer.

Han er derudover formand for panelet for dyresundhed og dyrevelfærd i Det Europæiske Fødevaresikkerhedsagentur, EFSA, hvilket bl.a. har resulteret i 130+ internationale rapporter, som mange danner faglig baggrund for lovgivning i dyresundhed og dyrevelfærd i den Europæiske Union.

Søren S. Nielsen collaborates with the Danish stakeholders in animal production and animal welfare NGOs. The collaborations on occasion include direct collaboration in the veterinary consultancy unit or in research projects. Furthermore, the collaboration includes contact via the advisory committees, where the collaborators are members. Søren S. Nielsen acts in their function as employee at University of Copenhagen in these relations. They do not receive any renumeration from the collaborators.

They also serve as a Chair of the Panel on Animal Health and Welfare and the Scientific Committee in the European Food Safety Authority (EFSA), along with ad hoc working groups within EFSA. They receive a salary for these services according to EFSA’s Expert’s Compensation Guide. Declarations of Interest are made to, and approved by, the EFSA Management Board in that regard.