Simon Rasmussen

Publikation

Publikationer pr. år 2009 2014 2017 2018 2021 2022 2023 2024 2024

• 20056 Citationer
• 104 Tidsskriftartikel
• 5 Letter
• 3 Preprint
• 2 Review
• 1 Mere
  • 1 Kommentar/debat

Publikationer pr. år

Publikationer pr. år

Søgeresultater

• 2024

  100 ancient genomes show repeated population turnovers in Neolithic Denmark

  Allentoft, M. E., Sikora, M., Fischer, A., Sjögren, K-G., Ingason, A., Macleod, R., Rosengren, A., Schulz Paulsson, B., Jørkov, M. L. S., Novosolov, M., Stenderup, J., Price, T. D., Mortensen, M. F., Nielsen, A. B., Hede, M. U., Sørensen, L., Nielsen, P. O., Rasmussen, P., Jensen, T. Z. T., Refoyo-Martínez, A. & 48 flere, Irving-Pease, E. K., Barrie, W., Pearson, A., Sousa da Mota, B., Demeter, F., Henriksen, R. A., Vimala, T., McColl, H., Vaughn, A., Vinner, L., Renaud, G., Stern, A., Johannsen, N. N., Ramsøe, A. D., Schork, A. J., Ruter, A., Gotfredsen, A. B., Nielsen, B. H., Petersen, E. B., Kannegaard, E., Hansen, J., Pedersen, K. B., Pedersen, L., Klassen, L., Meldgaard, M., Johansen, M., Uldum, O. C., Lotz, P., Lysdahl, P., Bangsgaard, P., Petersen, P. V., Maring, R., Iversen, R., Wåhlin, S., Sørensen, S. A., Andersen, S. H., Jørgensen, T., Lynnerup, N., Lawson, D. J., Rasmussen, S., Korneliussen, T. S., Kjær, K. H., Durbin, R., Nielsen, R., Delaneau, O., Werge, T., Kristiansen, K. & Willerslev, E., 2024, I: Nature. 625, 7994, s. 329-337 9 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  14 Citationer (Scopus)

  86 Downloads (Pure)

• An assessment of the value of deep neura networks in genetic risk prediction for surgically relevant outcomes

  Christensen, M. A., Sigurdsson, A., Bonde, A., Rasmussen, S., Ostrowski, S. R., Nielsen, M. & Sillesen, M., 2024, I: PLoS ONE. 19, 7, e0294368.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  2 Downloads (Pure)

• FAVA: High-quality functional association networks inferred from scRNA-seq and proteomics data

  Koutrouli, M., Nastou, K., Piera Líndez, P., Bouwmeester, R., Rasmussen, S., Martens, L. & Jensen, L. J., 2024, I: Bioinformatics. 40, 2, 11 s., btae010.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  20 Downloads (Pure)

• Gut heavy metal and antibiotic resistome of humans living in the high Arctic

  Hauptmann, A. L., Johansen, J., Stæger, F. F., Nielsen, D. S., Mulvad, G., Hanghøj, K., Rasmussen, S., Hansen, T. & Albrechtsen, A., 2024, I: Frontiers in Microbiology. 15, 15 s., 1493803.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil

• Imputation of label-free quantitative mass spectrometry-based proteomics data using self-supervised deep learning

  Webel, H., Niu, L., Nielsen, A. B., Locard-Paulet, M., Mann, M., Jensen, L. J. & Rasmussen, S., 2024, I: Nature Communications. 15, 15 s., 5405.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  2 Citationer (Scopus)

  7 Downloads (Pure)

• Mass spectrometry-based proteomics data from thousands of HeLa control samples

  Webel, H., Perez-Riverol, Y., Nielsen, A. B. & Rasmussen, S., 2024, I: Scientific Data. 11, 7 s., 112.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  1 Citationer (Scopus)

  10 Downloads (Pure)

• Population genomics of post-glacial western Eurasia

  Allentoft, M. E., Sikora, M., Refoyo-Martínez, A., Irving-Pease, E. K., Fischer, A., Barrie, W., Ingason, A., Stenderup, J., Sjögren, K-G., Pearson, A., da Mota, B. S., Paulsson, B. S., Halgren, A., Macleod, R., Jørkov, M. L. S., Demeter, F., Sørensen, L., Nielsen, P. O., Henriksen, R. A., Vimala, T. & 144 flere, McColl, H., Margaryan, A., Ilardo, M., Vaughn, A., Mortensen, M. F., Nielsen, A. B., Hede, M. U., Johannsen, N. N., Rasmussen, P., Vinner, L., Renaud, G., Stern, A., Jensen, T. Z. T., Scorrano, G., Schroeder, H., Lysdahl, P., Ramsøe, A. D., Skorobogatov, A., Schork, A. J., Rosengren, A., Ruter, A., Outram, A., Timoshenko, A. A., Buzhilova, A., Coppa, A., Zubova, A., Silva, A. M., Hansen, A. J., Gromov, A., Logvin, A., Gotfredsen, A. B., Nielsen, B. H., González-Rabanal, B., Lalueza-Fox, C., McKenzie, C. J., Gaunitz, C., Blasco, C., Liesau, C., Martinez-Labarga, C., Pozdnyakov, D. V., Cuenca-Solana, D., Lordkipanidze, D. O., En’shin, D., Salazar-García, D. C., Price, T. D., Borić, D., Kostyleva, E., Veselovskaya, E. V., Usmanova, E. R., Cappellini, E., Petersen, E. B., Kannegaard, E., Radina, F., Yediay, F. E., Duday, H., Gutiérrez-Zugasti, I., Merts, I., Potekhina, I., Shevnina, I., Altinkaya, I., Guilaine, J., Hansen, J., Tortosa, J. E. A., Zilhão, J., Vega, J., Pedersen, K. B., Tunia, K., Zhao, L., Mylnikova, L. N., Larsson, L., Metz, L., Yepiskoposyan, L., Pedersen, L., Sarti, L., Orlando, L., Slimak, L., Klassen, L., Blank, M., González-Morales, M., Silvestrini, M., Vretemark, M., Nesterova, M. S., Rykun, M., Rolfo, M. F., Szmyt, M., Przybyła, M., Calattini, M., Sablin, M., Dobisíková, M., Meldgaard, M., Johansen, M., Berezina, N., Card, N., Saveliev, N. A., Poshekhonova, O., Rickards, O., Lozovskaya, O. V., Gábor, O., Uldum, O. C., Aurino, P., Kosintsev, P., Courtaud, P., Ríos, P., Mortensen, P., Lotz, P., Persson, P., Bangsgaard, P., de Barros Damgaard, P., Vang Petersen, P., Martinez, P. P., Włodarczak, P., Smolyaninov, R. V., Maring, R., Menduiña, R., Badalyan, R., Iversen, R., Turin, R., Vasilyev, S., Wåhlin, S., Borutskaya, S., Skochina, S., Sørensen, S. A., Andersen, S. H., Jørgensen, T., Serikov, Y. B., Molodin, V. I., Smrcka, V., Merts, V., Appadurai, V., Moiseyev, V., Magnusson, Y., Kjær, K. H., Lynnerup, N., Lawson, D. J., Sudmant, P. H., Rasmussen, S., Korneliussen, T. S., Durbin, R., Nielsen, R., Delaneau, O., Werge, T., Racimo, F., Kristiansen, K. & Willerslev, E., 2024, I: Nature. 625, 7994, s. 301-311

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  27 Citationer (Scopus)

  59 Downloads (Pure)

• Taxometer: Improving taxonomic classification of metagenomics contigs

  Kutuzova, S., Nielsen, M., Piera, P., Nissen, J. N. & Rasmussen, S., 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 9 s., 8357.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil

• The evolutionary impact of childhood cancer on the human gene pool

  Stoltze, U. K., Foss-Skiftesvik, J., Hansen, T. V. O., Rasmussen, S., Karczewski, K. J., Wadt, K. A. W. & Schmiegelow, K., 2024, I: Nature Communications. 15, 15 s., 1881.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  2 Citationer (Scopus)

  9 Downloads (Pure)
• 2023

  Acknowledging Lack of Inclusion in Genetic Analyses-Reply

  Benros, M. E., Allesøe, R. L. & Rasmussen, S., 2023, I: JAMA Psychiatry. 80, 6, s. 647-648

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
  1 Citationer (Scopus)

• Adversarial and variational autoencoders improve metagenomic binning

  Líndez, P. P., Johansen, J., Kutuzova, S., Sigurdsson, A. I., Nissen, J. N. & Rasmussen, S., 2023, I: Communications Biology . 6, 10 s., 1073.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  4 Citationer (Scopus)

  18 Downloads (Pure)

• An immunogenetic investigation of 30 autoimmune and autoinflammatory diseases and their links to psychiatric disorders in a nationwide sample

  Nudel, R., Allesøe, R. L., Werge, T., Thompson, W. K., Rasmussen, S. & Benros, M. E., 2023, I: Immunology. 168, 4, s. 622-639

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  6 Citationer (Scopus)

  40 Downloads (Pure)

• Centenarians have a diverse gut virome with the potential to modulate metabolism and promote healthy lifespan

  Johansen, J., Atarashi, K., Arai, Y., Hirose, N., Sørensen, S. J., Vatanen, T., Knip, M., Honda, K., Xavier, R. J., Rasmussen, S. & Plichta, D. R., 2023, I: Nature Microbiology. 8, s. 1064-1078 18 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  31 Citationer (Scopus)

• Combinatorial batching of DNA for ultralow-cost detection of pathogenic variants

  Stoltze, U. K., Hagen, C. M., van Overeem Hansen, T., Byrjalsen, A., Gerdes, A. M., Yakimov, V., Rasmussen, S., Bækvad-Hansen, M., Hougaard, D. M., Schmiegelow, K., Hjalgrim, H., Wadt, K. & Bybjerg-Grauholm, J., 2023, I: Genome Medicine. 15, 12 s., 17.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  42 Downloads (Pure)

• Deep integrative models for large-scale human genomics

  Sigurdsson, A. I., Louloudis, I., Banasik, K., Westergaard, D., Winther, O., Lund, O., Ostrowski, S. R., Erikstrup, C., Pedersen, O. B., Nyegaard, M., Brunak, S., Vilhjálmsson, BJ. & Rasmussen, S., 2023, I: Nucleic Acids Symposium Series. 51, 12, 16 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  51 Downloads (Pure)

• Deep Learning for Cross-Diagnostic Prediction of Mental Disorder Diagnosis and Prognosis Using Danish Nationwide Register and Genetic Data

  Allesøe, R. L., Thompson, W. K., Bybjerg-Grauholm, J., Hougaard, D. M., Nordentoft, M., Werge, T., Rasmussen, S. & Benros, M. E., 2023, I: JAMA Psychiatry. 80, 2, s. 146-155 10 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

• Discovery of drug-omics associations in type 2 diabetes with generative deep-learning models: [with Author Correction]

  Allesøe, R. L., Lundgaard, A. T., Hernández Medina, R., Aguayo-Orozco, A., Johansen, J., Nissen, J. N., Brorsson, C., Mazzoni, G., Niu, L., Biel, J. H., Brasas, V., Webel, H., Benros, M. E., Pedersen, A. G., Chmura, P. J., Jacobsen, U. P., Mari, A., Koivula, R., Mahajan, A., Vinuela, A. & 31 flere, Tajes, J. F., Sharma, S., Haid, M., Hong, M-G., Musholt, P. B., De Masi, F., Vogt, J., Pedersen, H. K., Gudmundsdottir, V., Jones, A., Kennedy, G., Bell, J., Thomas, E. L., Frost, G., Thomsen, H., Hansen, E., Hansen, T. H., Vestergaard, H., Muilwijk, M., Blom, M. T., 't Hart, L. M., Pattou, F., Raverdy, V., Brage, S., Ridderstråle, M., Pedersen, O., Hansen, T., Banasik, K., Rasmussen, S., Brunak, S. & IMI-DIRECT consortium, 2023, I: Nature Biotechnology. 41, 3, s. 399–408 18 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  37 Citationer (Scopus)

  89 Downloads (Pure)

• Genetic analysis of blood molecular phenotypes reveals common properties in the regulatory networks affecting complex traits

  Brown, A. A., Fernandez-Tajes, J. J., Hong, M. G., Brorsson, C. A., Koivula, R. W., Davtian, D., Dupuis, T., Sartori, A., Michalettou, T. D., Forgie, I. M., Adam, J., Allin, K. H., Caiazzo, R., Cederberg, H., De Masi, F., Elders, P. J. M., Giordano, G. N., Haid, M., Hansen, T., Hansen, T. H. & 134 flere, Hattersley, A. T., Heggie, A. J., Howald, C., Jones, A. G., Kokkola, T., Laakso, M., Mahajan, A., Mari, A., McDonald, T. J., McEvoy, D., Mourby, M., Musholt, P. B., Nilsson, B., Pattou, F., Penet, D., Raverdy, V., Ridderstråle, M., Romano, L., Rutters, F., Sharma, S., Teare, H., ‘t Hart, L., Tsirigos, K. D., Vangipurapu, J., Vestergaard, H., Brunak, S., Franks, P. W., Frost, G., Grallert, H., Jablonka, B., McCarthy, M. I., Pavo, I., Pedersen, O., Ruetten, H., Walker, M., Adragni, K., Allesøe, R. L. L., Artati, A. A., Arumugam, M., Atabaki-Pasdar, N., Baltauss, T., Banasik, K., Barnett, A. L., Baum, P., Bell, J. D., Beulens, J. W., Bianzano, S. B., Bizzotto, R., Bonnefond, A., Cabrelli, L., Dale, M., Dawed, A. Y., de Preville, N., Dekkers, K. F., Deshmukh, H. A., Dings, C., Donnelly, L., Dutta, A., Ehrhardt, B., Engelbrechtsen, L., Eriksen, R., Fan, Y., Ferrer, J., Fitipaldi, H., Forman, A., Fritsche, A., Froguel, P., Gassenhuber, J., Gough, S., Graefe-Mody, U., Grempler, R., Groeneveld, L., Groop, L., Gudmundsdóttir, V., Gupta, R., Hennige, A. M. H., Hill, A. V., Holl, R. W., Hudson, M., Jacobsen, U. P., Jennison, C., Johansen, J., Jonsson, A., Karaderi, T., Kaye, J., Kennedy, G., Klintenberg, M., Kuulasmaa, T., Lehr, T., Loftus, H., Lundgaard, A. T. T., Mazzoni, G., McRobert, N., McVittie, I., Nice, R., Nicolay, C., Nijpels, G., Palmer, C. N., Pedersen, H. K., Perry, M. H., Pomares-Millan, H., Prehn, C. P., Ramisch, A., Rasmussen, S., Robertson, N., Rodriquez, M., Sackett, P., Scherer, N., Shah, N., Sihinevich, I., Slieker, R. C., Sondertoft, N. B., Steckel-Hamann, B., Thomas, M. K., Thomas, C. E. E., Thomas, E. L. L., Thorand, B., Thorne, C. E., Tillner, J., Tura, A., Uhlen, M., van Leeuwen, N., van Oort, S., Verkindt, H., Vogt, J., Wad Sackett, P. W., Wesolowska-Andersen, A., Whitcher, B., White, M. W., Adamski, J., Schwenk, J. M., Pearson, E. R., Dermitzakis, E. T. & Viñuela, A., 2023, I: Nature Communications. 14, 17 s., 5062.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  6 Citationer (Scopus)

  36 Downloads (Pure)

• Genetic predisposition & evolutionary traces of pediatric cancer risk: a prospective 5-year population-based genome sequencing study of children with CNS tumors

  Stoltze, U. K., Foss-Skiftesvik, J., van Overeem Hansen, T., Byrjalsen, A., Sehested, A., Scheie, D., Mikkelsen, T. S., Rasmussen, S., Bak, M., Okkels, H., Callesen, M. T., Skjøth-Rasmussen, J., Gerdes, A-M., Schmiegelow, K., Mathiasen, R. & Wadt, K., 2023, I: Neuro-Oncology. 25, 4, s. 761-773

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang
  12 Citationer (Scopus)

• Global within-species phylogenetics of sewage microbes suggest that local adaptation shapes geographical bacterial clustering

  Jespersen, M. L., Munk, P., Johansen, J., Kaas, R. S., Webel, H., Vigre, H., Nielsen, H. B., Rasmussen, S. & Aarestrup, F. M., 2023, I: Communications Biology . 6, 9 s., 700.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  3 Citationer (Scopus)

  31 Downloads (Pure)

• Mapache: a flexible pipeline to map ancient DNA

  Neuenschwander, S., Cruz Dávalos, D. I., Anchieri, L., Sousa da Mota, B., Bozzi, D., Rubinacci, S., Delaneau, O., Rasmussen, S. & Malaspinas, A-S., 2023, I: Bioinformatics (Online). 39, 2, 3 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  5 Citationer (Scopus)

  11 Downloads (Pure)

• Markers of inflammation predict survival in newly diagnosed cirrhosis: a prospective registry study

  Mynster Kronborg, T., Webel, H., O’Connell, M. B., Danielsen, K. V., Hobolth, L., Møller, S., Jensen, R. T., Bendtsen, F., Hansen, T., Rasmussen, S., Juel, H. B. & Kimer, N., 2023, I: Scientific Reports. 13, 11 s., 20039.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  3 Citationer (Scopus)

  10 Downloads (Pure)
• 2022

  Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges

  Meyer, F., Fritz, A., Deng, Z. L., Koslicki, D., Lesker, T. R., Gurevich, A., Robertson, G., Alser, M., Antipov, D., Beghini, F., Bertrand, D., Brito, J. J., Brown, C. T., Buchmann, J., Buluç, A., Chen, B., Chikhi, R., Clausen, P. T. L. C., Cristian, A., Dabrowski, P. W. & 83 flere, Darling, A. E., Egan, R., Eskin, E., Georganas, E., Goltsman, E., Gray, M. A., Hansen, L. H., Hofmeyr, S., Huang, P., Irber, L., Jia, H., Jørgensen, T. S., Kieser, S. D., Klemetsen, T., Kola, A., Kolmogorov, M., Korobeynikov, A., Kwan, J., LaPierre, N., Lemaitre, C., Li, C., Limasset, A., Malcher-Miranda, F., Mangul, S., Marcelino, V. R., Marchet, C., Marijon, P., Meleshko, D., Mende, D. R., Milanese, A., Nagarajan, N., Nissen, J., Nurk, S., Oliker, L., Paoli, L., Peterlongo, P., Piro, V. C., Porter, J. S., Rasmussen, S., Rees, E. R., Reinert, K., Renard, B., Robertsen, E. M., Rosen, G. L., Ruscheweyh, H. J., Sarwal, V., Segata, N., Seiler, E., Shi, L., Sun, F., Sunagawa, S., Sørensen, S. J., Thomas, A., Tong, C., Trajkovski, M., Tremblay, J., Uritskiy, G., Vicedomini, R., Wang, Z., Wang, Z., Wang, Z., Warren, A., Willassen, N. P., Yelick, K., You, R., Zeller, G., Zhao, Z., Zhu, S., Zhu, J., Garrido-Oter, R., Gastmeier, P., Hacquard, S., Häußler, S., Khaledi, A., Maechler, F., Mesny, F., Radutoiu, S., Schulze-Lefert, P., Smit, N., Strowig, T., Bremges, A., Sczyrba, A. & McHardy, A. C., 2022, I: Nature Methods. 19, 4, s. 429-440

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  134 Citationer (Scopus)

  31 Downloads (Pure)

• Cross-generational bacterial strain transfer to an infant after fecal microbiota transplantation to a pregnant patient: a case report

  Wei, S., Jespersen, M. L., Baunwall, S. M. D., Myers, P. N., Smith, E. M., Dahlerup, J. F., Rasmussen, S., Nielsen, H. B., Licht, T. R., Bahl, M. I. & Hvas, C. L., 2022, I: Microbiome. 10, 1, 14 s., 193.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  5 Citationer (Scopus)

  14 Downloads (Pure)

• Deep learning-based integration of genetics with registry data for stratification of schizophrenia and depression

  Allesøe, R. L., Nudel, R., Thompson, W. K., Wang, Y., Nordentoft, M., Børglum, A. D., Hougaard, D. M., Werge, T., Rasmussen, S. & Benros, M. E., 2022, I: Science Advances. 8, 26, eabi7293.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

• Genome binning of viral entities from bulk metagenomics data

  Johansen, J., Plichta, D. R., Nissen, J. N., Jespersen, M. L., Shah, S. A., Deng, L., Stokholm, J., Bisgaard, H., Nielsen, D. S., Sørensen, S. J. & Rasmussen, S., 2022, I: Nature Communications. 13, 12 s., 965.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  48 Citationer (Scopus)

  56 Downloads (Pure)

• Machine learning and deep learning applications in microbiome research

  Hernandez Medina, R., Kutuzova, S., Nielsen, K. N., Johansen, J., Hansen, L. H., Nielsen, M. & Rasmussen, S., 2022, I: ISME Communications. 2, 7 s., 98.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  41 Downloads (Pure)

• Noninvasive proteomic biomarkers for alcohol-related liver disease

  Niu, L., Thiele, M., Geyer, P. E., Rasmussen, D. N., Webel, H. E., Santos, A., Gupta, R., Meier, F., Strauss, M., Kjaergaard, M., Lindvig, K., Jacobsen, S., Rasmussen, S., Hansen, T., Krag, A. & Mann, M., 2022, I: Nature Medicine. 28, 6, s. 1277-1287 11 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  114 Citationer (Scopus)

  51 Downloads (Pure)

• Population Genomics of Stone Age Eurasia

  Allentoft, M. E., Sikora, M., Refoyo-Martínez, A., Irving-Pease, E. K., Fischer, A., Barrie, W., Ingason, A., Stenderup, J., Sjögren, K-G., Pearson, A., Mota, B., Paulsson, B. S., Halgren, A., Macleod, R., Schjellerup Jørkov, M. L., Demeter, F., Novosolov, M., Sørensen, L., Nielsen, P-O., Henriksen, R. H. A. & 143 flere, Vimala, T., McColl, H., Margaryan, A., Ilardo, M., Vaughn, A., Mortensen, M. F., Nielsen, A. B., Hede, M. U., Rasmussen, P., Vinner, L., Renaud, G., Stern, A., Trolle Jensen, T. Z., Johannsen, N. N., Scorrano, G., Schroeder, H., Lysdahl, P., Ramsøe, A. D., Skorobogatov, A., Schork, A. J., Rosengren, A., Ruter, A., Outram, A., Timoshenko, A. A., Buzhilova, A., Coppa, A., Zubova, A., Silva, A. M., Hansen, A. J., Gromov, A., Logvin, A., Gotfredsen, A. B., Nielsen, B. H., González-Rabanal, B., Lalueza-Fox, C., McKenzie, C. J., Gaunitz, C., Blasco, C., Liesau, C., Martinez-Labarga, C., Pozdnyakov, D. V., Cuenca-Solana, D., Lordkipanidze, D. O., En’shin, D., Salazar-García, D. C., Price, T. D., Borić, D., Kostyleva, E., Veselovskaya, E. V., Usmanova, E. R., Cappellini, E., Petersen, E. B., Kannegaard, E., Radina, F., Yediay, F. E., Duday, H., Gutiérrez-Zugasti, I., Potekhina, I., Shevnina, I., Altinkaya, I., Guilaine, J., Hansen, J., Tortosa, J. E. A., Zilhão, J., Vega, J., Pedersen, K. B., Tunia, K., Zhao, L., Mylnikova, L. N., Larsson, L., Metz, L., Yeppiskoposyan, L., Pedersen, L., Sarti, L., Orlando, L., Slimak, L., Klassen, L., Blank, M., González-Morales, M., Silvestrini, M., Vretemark, M., Nesterova, M. S., Rykun, M., Rolfo, M. F., Szmyt, M., Przybyła, M., Calattini, M., Sablin, M., Dobisíková, M., Meldgaard, M., Johansen, M., Berezina, N., Card, N., Saveliev, N. A., Poshekhonova, O., Rickards, O., Lozovskaya, O. V., Uldum, O. C., Aurino, P., Kosintsev, P., Courtaud, P., Ríos, P., Mortensen, P., Lotz, P., Persson, P. Å., Bangsgaard, P., Damgaard, P. D. B., Petersen, P. V., Martinez, P. P., Włodarczak, P., Smolyaninov, R. V., Maring, R., Menduiña, R., Badalyan, R., Iversen, R., Turin, R., Vasilyiev, S., Wåhlin, S., Borutskaya, S., Skochina, S., Sørensen, S. A., Andersen, S. H., Jørgensen, T., Serikov, Y. B., Molodin, V. I., Smrcka, V., Merz, V., Appadurai, V., Moiseyev, V., Magnusson, Y., Kjær, K. H., Lynnerup, N., Lawson, D. J., Sudmant, P. H., Rasmussen, S., Korneliussen, T., Durbin, R., Nielsen, R., Delaneau, O., Werge, T., Racimo, F., Kristiansen, K. & Willerslev, E., 2022, s. 1-71, (bioRxiv).

  Publikation: Working paper › Preprint › Forskning

  Fil
  265 Downloads (Pure)

• SCAI promotes error-free repair of DNA interstrand crosslinks via the Fanconi anemia pathway

  Schubert, L., Hendriks, I. A., Hertz, E. P. T., Wu, W., Sellés-Baiget, S., Hoffmann, S., Viswalingam, K. S., Gallina, I., Pentakota, S., Benedict, B., Johansen, J., Apelt, K., Luijsterburg, M. S., Rasmussen, S., Lisby, M., Liu, Y., Nielsen, M. L., Mailand, N. & Duxin, J. P., 2022, I: EMBO Reports. 23, 4, 20 s., e53639.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  12 Citationer (Scopus)

  62 Downloads (Pure)

• The population genomic legacy of the second plague pandemic

  Gopalakrishnan, S., Ebenesersdóttir, S. S., Lundstrøm, I. K. C., Turner-Walker, G., Moore, K. H. S., Luisi, P., Margaryan, A., Martin, M. D., Ellegaard, M. R., Magnússon, Ó., Sigurðsson, Á., Snorradóttir, S., Magnúsdóttir, D. N., Laffoon, J. E., van Dorp, L., Liu, X., Moltke, I., Ávila-Arcos, M. C., Schraiber, J. G., Rasmussen, S. & 40 flere, Juan, D., Gelabert, P., de-Dios, T., Fotakis, A. K., Iraeta-Orbegozo, M., Vågene, Å. J., Denham, S. D., Christophersen, A., Stenøien, H. K., Vieira, F. G., Liu, S., Günther, T., Kivisild, T., Moseng, O. G., Skar, B., Cheung, C., Sandoval-Velasco, M., Wales, N., Schroeder, H., Campos, P. F., Guðmundsdóttir, V. B., Sicheritz-Ponten, T., Petersen, B., Halgunset, J., Gilbert, E., Cavalleri, G. L., Hovig, E., Kockum, I., Olsson, T., Alfredsson, L., Hansen, T. F., Werge, T., Willerslev, E., Balloux, F., Marques-Bonet, T., Lalueza-Fox, C., Nielsen, R., Stefánsson, K., Helgason, A. & Gilbert, M. T. P., 2022, I: Current Biology. 32, 21, s. 4743-4751.e6

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  11 Citationer (Scopus)

  27 Downloads (Pure)

• Whole-Exome Sequencing Implicates Neuronal Calcium Channel with Familial Atrial Fibrillation

  Vad, O. B., Yan, Y., Denti, F., Ahlberg, G., Refsgaard, L., Bomholtz, S. H., Santos, J. L., Rasmussen, S., Haunsø, S., Svendsen, J. H., Christophersen, I. E., Schmitt, N., Olesen, M. S. & Bentzen, B. H., 2022, I: Frontiers in Genetics. 13, 8 s., 806429.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  2 Citationer (Scopus)

  27 Downloads (Pure)
• 2021

  A large-scale investigation into the role of classical HLA loci in multiple types of severe infections, with a focus on overlaps with autoimmune and mental disorders

  Nudel, R., Allesøe, R. L., Thompson, W. K., Werge, T., Rasmussen, S. & Benros, M. E., 2021, I: Journal of Translational Medicine. 19, 230.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  4 Citationer (Scopus)

  35 Downloads (Pure)

• Defining NASH from a multi-omics systems biology perspective

  Niu, L., Sulek, K., Vasilopoulou, C. G., Santos, A., Wewer Albrechtsen, N. J., Rasmussen, S., Meier, F. & Mann, M., 2021, I: Journal of Clinical Medicine. 10, 20, 22 s., 4673.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  9 Citationer (Scopus)

  38 Downloads (Pure)

• Extension of Plant Phenotypes by the Foliar Microbiome

  Hawkes, C. V., Kjøller, R., Raaijmakers, J. M., Riber, L., Christensen, S., Rasmussen, S., Christensen, J. H., Dahl, A. B., Westergaard, J. C., Nielsen, M., Brown-Guedira, G. & Hestbjerg Hansen, L., 2021, I: Annual Review of Plant Biology. 72, s. 823-846 24 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  31 Citationer (Scopus)

• Genetic factors underlying the bidirectional relationship between autoimmune and mental disorders - findings from a Danish population-based study: [Incl. Corrigendum]

  Liu, X., Nudel, R., Thompson, W. K., Appadurai, V., Schork, A. J., Buil, A., Rasmussen, S., Allesøe, R. L., Werge, T., Mors, O., Børglum, A. D., Hougaard, D. M., Mortensen, P. B., Nordentoft, M. & Benros, M. E., 2021, I: Brain, Behavior, and Immunity. 91, s. 10-23 14 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  10 Citationer (Scopus)

  20 Downloads (Pure)

• Gut microbial changes of patients with psychotic and affective disorders: A systematic review

  Vindegaard, N., Speyer, H., Nordentoft, M., Rasmussen, S. & Benros, M. E., 2021, I: Schizophrenia Research. 234, s. 41-50 10 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › peer review
  37 Citationer (Scopus)

• Improved metagenome binning and assembly using deep variational autoencoders

  Nissen, J. N., Johansen, J., Allesoe, R. L., Sonderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Gronbech, C. H., Jensen, L. J., Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, O. & Rasmussen, S., 2021, I: Nature Biotechnology. 39, s. 555-560

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  223 Citationer (Scopus)

  33 Downloads (Pure)

• Streptococcus pseudopneumoniae: Use of whole-genome sequences to validate species identification methods

  Jensen, C. S., Iversen, K. H., Dargis, R., Shewmaker, P., Rasmussen, S., Christensen, J. J. & Nielsen, X. C., 2021, I: Journal of Clinical Microbiology. 59, 2, 11 s., e02503-20.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  6 Citationer (Scopus)

  13 Downloads (Pure)

• The ubiquitin ligase RFWD3 is required for translesion DNA synthesis

  Gallina, I., Hendriks, I. A., Hoffmann, S., Larsen, N. B., Johansen, J., Colding-Christensen, C. S., Schubert, L., Sellés-Baiget, S., Fábián, Z., Kühbacher, U., Gao, A. O., Räschle, M., Rasmussen, S., Nielsen, M. L., Mailand, N. & Duxin, J. P., 2021, I: Molecular Cell. 81, 3, s. 442-458.e9 27 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  48 Citationer (Scopus)

  148 Downloads (Pure)
• 2020

  A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux

  da Fonseca, R. R., Couto, A., Machado, A. M., Brejova, B., Albertin, C. B., Silva, F., Gardner, P., Baril, T., Hayward, A., Campos, A., Ribeiro, Â. M., Barrio-Hernandez, I., Hoving, H-J., Tafur-Jimenez, R., Chu, C., Frazão, B., Petersen, B., Peñaloza, F., Musacchia, F., Alexander, G. C. & 24 flere, Osório, H., Winkelmann, I., Simakov, O., Rasmussen, S., Rahman, M. Z., Pisani, D., Vinther, J., Jarvis, E., Zhang, G., Strugnell, J. M., Castro, L. F. C., Fedrigo, O., Patricio, M., Li, Q., Rocha, S., Antunes, A., Wu, Y., Ma, B., Sanges, R., Vinar, T., Blagoev, B., Sicheritz-Pontén, T., Nielsen, R. & Gilbert, M. T. P., 2020, I: GigaScience. 9, 1, 12 s., giz152.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  35 Citationer (Scopus)

  111 Downloads (Pure)

• Paleogenomic insights into the red complex bacteria Tannerella forsythia in Pre-Hispanic and Colonial individuals from Mexico

  Bravo-Lopez, M., Villa-Islas, V., Rocha Arriaga, C., Villasenor-Altamirano, A. B., Guzman-Solis, A., Sandoval-Velasco, M., Wesp, J. K., Alcantara, K., Lopez-Corral, A., Gomez-Valdes, J., Mejia, E., Herrera, A., Meraz-Moreno, A., Moreno-Cabrera, M. D. L. L., Moreno-Estrada, A., Nieves-Colon, M. A., Olvera, J., Perez-Perez, J., Iversen, K. H., Rasmussen, S. & 3 flere, Sandoval, K., Zepeda, G. & Avila-Arcos, M. C., 2020, I: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 375, 1812, 13 s., 20190580.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang
  22 Citationer (Scopus)

• Population genomics of the Viking world: [incl. correction]

  Margaryan, A., Lawson, D. J., Sikora, M., Racimo, F., Rasmussen, S., Moltke, I., Cassidy, L. M., Jørsboe, E., Ingason, A., Pedersen, M. W., Korneliussen, T., Wilhelmson, H., Buś, M. M., de Barros Damgaard, P., Martiniano, R., Renaud, G., Bhérer, C., Moreno-Mayar, J. V., Fotakis, A. K., Allen, M. & 30 flere, Allmäe, R., Molak, M., Cappellini, E., Scorrano, G., McColl, H., Buzhilova, A., Fox, A., Albrechtsen, A., Schütz, B., Skar, B., Arcini, C., Lundstrøm, I., Cheng, J., Stenderup, J., Iversen, K. H., Arge, S. V., Ellingvåg, S., Orlando, L., Pentz, P., Jessen, M. D., Pedersen, A., Jørkov, M. L., Lynnerup, N., Gilbert, M. T. P., Allentoft, M. E., Sindbæk, S. M., Kristiansen, K., Nielsen, R., Werge, T. & Willerslev, E., 2020, I: Nature. 585, 7825, s. 390-396 7 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  123 Citationer (Scopus)

• Similar genomic patterns of clinical infective endocarditis and oral isolates of Streptococcus sanguinis and Streptococcus gordonii

  Iversen, K. H., Rasmussen, L. H., Al-Nakeeb, K., Armenteros, J. J. A., Jensen, C. S., Dargis, R., Lukjancenko, O., Justesen, U. S., Moser, C., Rosenvinge, F. S., Nielsen, X. C., Christensen, J. J. & Rasmussen, S., 17 feb. 2020, I: Scientific Reports. 10, 1, 11 s., 2728.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  10 Citationer (Scopus)

  47 Downloads (Pure)
• 2019

  A 5700 year-old human genome and oral microbiome from chewed birch pitch

  Jensen, T. Z. T., Niemann, J., Iversen, K. H., Fotakis, A. K., Gopalakrishnan, S., Vågene, Å. J., Pedersen, M. W., Sinding, M-H. S., Ellegaard, M. R., Allentoft, M. E., Lanigan, L. T., Taurozzi, A. J., Nielsen, S. H., Dee, M. W., Mortensen, M. N., Christensen, M. C., Sørensen, S. A., Collins, M. J., Gilbert, M. T. P., Sikora, M. & 2 flere, Rasmussen, S. & Schroeder, H., 2019, I: Nature Communications. 10, 10 s., 5520.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  68 Citationer (Scopus)

  293 Downloads (Pure)

• Emergence and Spread of Basal Lineages of Yersinia pestis during the Neolithic Decline

  Rascovan, N., Sjogren, K-G., Kristiansen, K., Nielsen, R., Willerslev, E., Desnues, C. & Rasmussen, S., 2019, I: Cell. 176, 1-2, s. 295-305.e10

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  183 Citationer (Scopus)

• Genetic studies of abdominal MRI data identify genes regulating hepcidin as major determinants of liver iron concentration

  Wilman, H. R., Parisinos, C. A., Atabaki-Pasdar, N., Kelly, M., Thomas, E. L., Neubauer, S., Jennison, C., Ehrhardt, B., Baum, P., Schoelsch, C., Freijer, J., Grempler, R., Graefe-Mody, U., Hennige, A., Dings, C., Lehr, T., Scherer, N., Sihinecich, I., Pattou, F., Raverdi, V. & 31 flere, Caiazzo, R., Torres, F., Verkindt, H., Mari, A., Tura, A., Giorgino, T., Bizzotto, Froguel, P., Brorsson, C., Brunak, S., De Masi, F., Pedersen, H., Banasik, K., Thomas, C., Lundgaard, A., Nielsen, A., Mazzoni, G., Karaderi, T., Rasmussen, S., Johansen, J., Allesøe, R., Arumugam, M., Allin, K., Hansen, T., Hansen, T., Jonsson, A., Pedersen, O., Dutta, A., Vogt, J., Vestergaard, H. & IMI-DIRECT consortium, 2019, I: Journal of Hepatology. 71, 3, s. 594-602 9 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  20 Citationer (Scopus)

  145 Downloads (Pure)

• Global monitoring of antimicrobial resistance based on metagenomics analyses of urban sewage

  Hendriksen, R. S., Munk, P., Njage, P., van Bunnik, B., McNally, L., Lukjancenko, O., Röder, T., Nieuwenhuijse, D., Pedersen, S. K., Kjeldgaard, J., Kaas, R. S., Clausen, P. T. L. C., Vogt, J. K., Leekitcharoenphon, P., van de Schans, M. G. M., Zuidema, T., de Roda Husman, A. M., Rasmussen, S., Petersen, B., Bego, A. & 108 flere, Rees, C., Cassar, S., Coventry, K., Collignon, P., Allerberger, F., Rahube, T. O., Oliveira, G., Ivanov, I., Vuthy, Y., Sopheak, T., Yost, C. K., Ke, C., Zheng, H., Baisheng, L., Jiao, X., Donado-Godoy, P., Coulibaly, K. J., Jergović, M., Hrenovic, J., Karpíšková, R., Villacis, J. E., Legesse, M., Eguale, T., Heikinheimo, A., Malania, L., Nitsche, A., Brinkmann, A., Saba, C. K. S., Kocsis, B., Solymosi, N., Thorsteinsdottir, T. R., Hatha, A. M., Alebouyeh, M., Morris, D., Cormican, M., O’Connor, L., Moran-Gilad, J., Alba, P., Battisti, A., Shakenova, Z., Kiiyukia, C., Ng’eno, E., Raka, L., Avsejenko, J., Bērziņš, A., Bartkevics, V., Penny, C., Rajandas, H., Parimannan, S., Haber, M. V., Pal, P., Jeunen, G. J., Gemmell, N., Fashae, K., Holmstad, R., Hasan, R., Shakoor, S., Rojas, M. L. Z., Wasyl, D., Bosevska, G., Kochubovski, M., Radu, C., Gassama, A., Radosavljevic, V., Wuertz, S., Zuniga-Montanez, R., Tay, M. Y. F., Gavačová, D., Pastuchova, K., Truska, P., Trkov, M., Esterhuyse, K., Keddy, K., Cerdà-Cuéllar, M., Pathirage, S., Norrgren, L., Örn, S., Larsson, D. G. J., Heijden, T. V. D., Kumburu, H. H., Sanneh, B., Bidjada, P., Njanpop-Lafourcade, B. M., Nikiema-Pessinaba, S. C., Levent, B., Meschke, J. S., Beck, N. K., Van, C. D., Phuc, N. D., Tran, D. M. N., Kwenda, G., Tabo, D. A., Wester, A. L., Cuadros-Orellana, S., Amid, C., Cochrane, G., Sicheritz-Ponten, T., Schmitt, H., Alvarez, J. R. M., Aidara-Kane, A., Pamp, S. J., Lund, O., Hald, T., Woolhouse, M., Koopmans, M. P., Vigre, H., Petersen, T. N. & Aarestrup, F. M., 2019, I: Nature Communications. 10, 1, 12 s., 1124.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  622 Citationer (Scopus)

  50 Downloads (Pure)

• Immunity and mental illness: findings from a Danish population-based immunogenetic study of seven psychiatric and neurodevelopmental disorders

  Nudel, R., Benros, M. E., Krebs, M. D., Allesøe, R. L., Lemvigh, C. K., Bybjerg-Grauholm, J., Børglum, A. D., Daly, M. J., Nordentoft, M., Mors, O., Hougaard, D. M., Mortensen, P. B., Buil, A., Werge, T., Rasmussen, S. & Thompson, W. K., 2019, I: European Journal of Human Genetics. 27, s. 1445-1455

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  38 Citationer (Scopus)

  215 Downloads (Pure)

• The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene

  Sikora, M., Pitulko, V. V., Sousa, V. C., Allentoft, M. E., Vinner, L., Rasmussen, S., Margaryan, A., Damgaard, P. D. B., de la Fuente Castro, C., Renaud, G., Yang, M. A., Fu, Q., Dupanloup, I., Giampoudakis, K., Nogues, D. B., Rahbek, C., Kroonen, G., Peyrot, M., McColl, H., Vasilyev, S. V. & 27 flere, Veselovskaya, E., Gerasimova, M., Pavlova, E. Y., Chasnyk, V. G., Nikolskiy, P. A., Gromov, A. V., Khartanovich, V. I., Moiseyev, V., Grebenyuk, P. S., Fedorchenko, A. Y., Lebedintsev, A. I., Slobodin, S. B., Malyarchuk, B. A., Martiniano, R., Meldgaard, M., Arppe, L., Palo, J. U., Sundell, T., Mannermaa, K., Putkonen, M., Alexandersen, V., Primeau, C., Baimukhanov, N., Malhi, R. S., Sjögren, K. G., Nielsen, R. & Willerslev, E., 2019, I: Nature. 570, s. 182–188

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  233 Citationer (Scopus)

  965 Downloads (Pure)