Weria Pezeshkian

Søgeresultater

• 2024

  Bending of a lipid membrane edge by annexin A5 trimers

  Pandey, M. P., Telles de Souza, P. C., Pezeshkian, W. & Khandelia, H., 16 apr. 2024, I: Biophysical Journal. 123, 8, s. 1006-1014 9 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › peer review
  1 Citationer (Scopus)

• Mesoscale simulation of biomembranes with FreeDTS

  Pezeshkian, W. & Ipsen, J. H., 16 jan. 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 10 s., 548.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  6 Citationer (Scopus)

  9 Downloads (Pure)

• Physics-Based Protein Networks Might Recover Effectful Mutations─a Case Study on Cathepsin G

  Schuhmann, F., Bordallo, H. N. & Pezeshkian, W., 21 okt. 2024, I: Journal of Physical Chemistry B. 128, s. 10043-10050 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  3 Downloads (Pure)

• Shape of the membrane neck around a hole during plasma membrane repair

  Klenow, M. B., Vigsø, M. S., Pezeshkian, W., Nylandsted, J., Lomholt, M. A. & Simonsen, A. C., 2 jul. 2024, I: Biophysical Journal. 123, 13, s. 1827-1837 11 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

• There and back again: bridging meso- and nano-scales to understand lipid vesicle patterning

  Cornet, J., Coulonges, N., Pezeshkian, W., Penissat-mahaut, M., Desgrez-dautet, H., Marrink, S. J., Destainville, N., Chavent, M. & Manghi, M., 22 maj 2024, I: Soft Matter. 20, s. 4998-5013 16 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  1 Citationer (Scopus)

  8 Downloads (Pure)
• 2023

  Annexin proteins involved in plasma membrane repair reshape a membrane edge: Direct evidence from molecular simulations

  Pandey, M. P., Pezeshkian, W. & Khandelia, H., 2023, I: Biophysical Journal. 122, 3S1, s. 323a 1 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › peer review

• Close, but not too close: a mesoscopic description of (a)symmetry and membrane shaping mechanisms

  Ruhoff, V. T., Bendix, P. M. & Pezeshkian, W., 16 jan. 2023, I: Emerging topics in life sciences. 7, 1, s. 81-93 13 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  3 Citationer (Scopus)

  32 Downloads (Pure)

• Inferring mechanical properties of the SARS-CoV-2 virus particle with nano-indentation tests and numerical simulations

  Nonn, A., Kiss, B., Pezeshkian, W., Tancogne-Dejean, T., Cerrone, A., Kellermayer, M., Bai, Y., Li, W. & Wierzbicki, T., 8 okt. 2023, I: Journal of the Mechanical Behavior of Biomedical Materials. 148, 15 s., 106153.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  4 Citationer (Scopus)

• Mesoscale simulations: an indispensable approach to understand biomembranes

  Duncan, A. & Pezeshkian, W., 21 feb. 2023, I: Biophysical Journal. 122, 11, s. 1883-1889 7 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang
  12 Citationer (Scopus)

• Molecular architecture and dynamics of SARS-CoV-2 envelope by integrative modeling

  Pezeshkian, W., Grunewald, F., Narykov, O., Lu, S., Arkhipova, V., Solodovnikov, A., Wassenaar, T. A., Marrink, S. J. & Korkin, D., 6 apr. 2023, I: Structure. 31, 4, s. 492-50 20 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  23 Citationer (Scopus)
• 2022

  Coarse-grained simulations of curvature induced lipid sorting in complex membranes

  Konig, M., Pezeshkian, W. & Marrink, S. J., 2022, I: Biophysical Journal. 121, 3, s. 309A-309A 1 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › peer review

• Martini 3 Coarse-Grained Force Field for Carbohydrates

  Grünewald, F., Punt, M. H., Jefferys, E. E., Vainikka, P., König, M., Virtanen, V., Meyer, T. A., Pezeshkian, W., Gormley, A., Karonen, M., Sansom, M. S. P., Souza, P. C. T. & Marrink, S., 7 nov. 2022, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 18, 12, s. 7555-7569 15 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  26 Citationer (Scopus)

  11 Downloads (Pure)

• Strength in numbers: effect of protein crowding on the shape of cell membranes

  Ruhoff, V. T., Moreno-Pescador, G., Pezeshkian, W. & Bendix, P. M., 31 okt. 2022, I: Biochemical Society Transactions. 50, 5, s. 1257-1267 11 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  7 Citationer (Scopus)

  56 Downloads (Pure)

• Synthetic Membrane Shaper for Controlled Liposome Deformation

  De Franceschi, N., Pezeshkian, W., Fragasso, A., Bruininks, B. M. H., Tsai, S., Marrink, S. J. & Dekker, C., 28 nov. 2022, I: ACS Nano. 17, s. 966-978 13 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › peer review

  Åben adgang

  Fil
  20 Citationer (Scopus)

  11 Downloads (Pure)
• 2021

  Annexin A4 trimers are recruited by high membrane curvatures in giant plasma membrane vesicles

  Florentsen, C. D., Kamp-Sonne, A., Moreno-Pescador, G., Pezeshkian, W., Hakami Zanjani, A. A., Khandelia, H., Nylandsted, J. & Bendix, P. M., 2021, I: Soft Matter. 17, 2, s. 308-318 11 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  29 Citationer (Scopus)

  33 Downloads (Pure)

• A synthetic membrane shaper for controlled liposome deformation

  Pezeshkian, W., 23 dec. 2021, I: bioRxiv.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

  Åben adgang

  Fil
  7 Downloads (Pure)

• Capturing Membrane Phase Separation by Dual Resolution Molecular Dynamics Simulations

  Liu, Y., de Vries, A. H., Pezeshkian, W. & Marrink, S. J., 14 sep. 2021, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 17, 9, s. 5876-5884 9 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › peer review

  Åben adgang

  Fil
  13 Citationer (Scopus)

  9 Downloads (Pure)

• Ceramide structure dictates glycosphingolipid nanodomain assembly and function

  Arumugam, S., Schmieder, S., Pezeshkian, W., Becken, U., Wunder, C., Chinnapen, D., Ipsen, J. H., Kenworthy, A. K., Lencer, W., Mayor, S. & Johannes, L., 16 jun. 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 12 s., 3675.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  33 Citationer (Scopus)

  12 Downloads (Pure)

• Computational Approaches to Explore Bacterial Toxin Entry into the Host Cell

  Pezeshkian, W., Shillcock, J. C. & Ipsen, J. H., 28 jul. 2021, I: Toxins. 13, 7, 9 s., 449.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › peer review

  Åben adgang

  Fil
  4 Citationer (Scopus)

  9 Downloads (Pure)

• Creasing of flexible membranes at vanishing tension

  Pezeshkian, W. & Ipsen, J. H., 16 apr. 2021, I: Physical Review E. 103, 4, 5 s., 041001.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › peer review

  Åben adgang

  Fil
  3 Citationer (Scopus)

  12 Downloads (Pure)

• Long chain sphingomyelin depletes cholesterol from the cytoplasmic leaflet in asymmetric lipid membranes

  Karlsen, M. L., Bruhn, D. S., Pezeshkian, W. & Khandelia, H., 8 jul. 2021, I: RSC Advances. 11, 37, s. 22677-22682 6 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  5 Citationer (Scopus)

  9 Downloads (Pure)

• Molecular architecture of SARS-CoV-2 envelope by integrative modeling

  Pezeshkian, W., 15 sep. 2021, I: bioRxiv.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

  Åben adgang

  Fil
  12 Downloads (Pure)

• Simulating realistic membrane shapes

  Pezeshkian, W. & Marrink, S. J., 1 aug. 2021, I: Current Opinion in Cell Biology. 71, s. 103-111 9 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  42 Citationer (Scopus)

  10 Downloads (Pure)
• 2020

  Backmapping triangulated surfaces to coarse-grained membrane models

  Pezeshkian, W., Konig, M., Wassenaar, T. A. & Marrink, S. J., 8 maj 2020, I: Nature Communications. 11, 1, 9 s., 2296.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  93 Citationer (Scopus)

  9 Downloads (Pure)

• Coupling Coarse-Grained to Fine-Grained Models via Hamiltonian Replica Exchange

  Liu, Y., Pezeshkian, W., Barnoud, J., de Vries, A. H. & Marrink, S. J., 11 aug. 2020, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 16, 8, s. 5313-5322 10 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  10 Citationer (Scopus)

  6 Downloads (Pure)

• Dual Resolution Membrane Simulations Using Virtual Sites

  Liu, Y., De Vries, A. H., Barnoud, J., Pezeshkian, W., Melcr, J. & Marrink, S. J., 14 maj 2020, I: Journal of Physical Chemistry B. 124, 19, s. 3944-3953 10 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › peer review

  Åben adgang

  Fil
  23 Citationer (Scopus)

  10 Downloads (Pure)
• 2019

  A Multi-Scale Approach to Membrane Remodeling Processes

  Pezeshkian, W., Konig, M., Marrink, S. J. & Ipsen, J. H., 23 jul. 2019, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 6, 7 s., 59.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › peer review

  Åben adgang

  Fil
  17 Citationer (Scopus)

  8 Downloads (Pure)

• Fluctuations and conformational stability of a membrane patch with curvature inducing inclusions

  Pezeshkian, W. & Ipsen, J. H., 28 dec. 2019, I: Soft Matter. 15, 48, s. 9974-9981 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  19 Citationer (Scopus)
• 2018

  Clustering on Membranes: Fluctuations and More

  Johannes, L., Pezeshkian, W., Ipsen, J. H. & Shillcock, J. C., maj 2018, I: Trends in Cell Biology. 28, 5, s. 405-415 11 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › peer review
  59 Citationer (Scopus)

• Lipid Configurations from Molecular Dynamics Simulations

  Pezeshkian, W., Khandelia, H. & Marsh, D., 24 apr. 2018, I: Biophysical Journal. 114, 8, s. 1895-1907 13 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  17 Citationer (Scopus)

  5 Downloads (Pure)

• The role of caveolin-1 in lipid droplets and their biogenesis

  Pezeshkian, W., Chevrot, G. & Khandelia, H., mar. 2018, I: Chemistry and Physics of Lipids. 211, s. 93-99 7 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  16 Citationer (Scopus)
• 2017

  Cholera toxin B subunit induces local curvature on lipid bilayers

  Pezeshkian, W., Nabo, L. J. & Ipsen, J. H., nov. 2017, I: FEBS Open Bio. 7, 11, s. 1638-1645 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  36 Citationer (Scopus)

  6 Downloads (Pure)

• Mechanism of Shiga Toxin Clustering on Membranes

  Pezeshkian, W., Gao, H., Arumugam, S., Becken, U., Bassereau, P., Florent, J-C., Ipsen, J. H., Johannes, L. & Shillcock, J. C., 1 jan. 2017, I: ACS Nano. 11, 1, s. 314-324 11 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  84 Citationer (Scopus)

• Membrane Tubulation in Lipid Vesicles Triggered by the Local Application of Calcium Ions

  Doosti, B. A., Pezeshkian, W., Bruhn, D. S., Ipsen, J. H., Khandelia, H., Jeffries, G. D. M. & Lobovidna, T., 17 okt. 2017, I: Langmuir. 33, 41, s. 11010-11017 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  49 Citationer (Scopus)
• 2016

  Membrane invagination induced by Shiga toxin B-subunit: from molecular structure to tube formation

  Pezeshkian, W., Hansen, A. G., Johannes, L., Khandelia, H., Shillcock, J. C., Kumar, P. B. S. & Ipsen, J. H., 2016, I: Soft Matter. 12, 23, s. 5164-5171 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  72 Citationer (Scopus)

  10 Downloads (Pure)
• 2015

  The effects of globotriaosylceramide tail saturation level on bilayer phases

  Pezeshkian, W., Chaban, V. V., Johannes, L., Shillcock, J., Ipsena, J. H. & Khandelia, H., 2015, I: Soft Matter. 11, 7, s. 1352-1361 10 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › peer review

  Åben adgang

  Fil
  19 Citationer (Scopus)

  7 Downloads (Pure)
• 2012

  Distribution of counterions and interaction between two similarly charged dielectric slabs: Roles of charge discreteness and dielectric inhomogeneity

  Pezeshkian, W., Nikoofard, N., Norouzi, D., Mohammad-Rafiee, F. & Fazli, H., 28 jun. 2012, I: Physical Review E. 85, 6, 11 s., 061925.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › peer review

  Åben adgang

  Fil
  14 Citationer (Scopus)

  6 Downloads (Pure)