Wouter Boomsma

Søgeresultater

• 2024

  A systematic analysis of regression models for protein engineering

  Michael, R., Kæstel-Hansen, J., Groth, P. M., Bartels, S., Salomon, J., Tian, P., Hatzakis, N. S. & Boomsma, W., 2024, I: PLOS Computational Biology. 20, 5 May, 22 s., e1012061.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  1 Citationer (Scopus)

  14 Downloads (Pure)

• BEND: Benchmarking DNA Language Models on Biologically Meaningful Tasks

  Marin, F. I., Teufel, F., Horlacher, M., Madsen, D., Pultz, D., Winther, O. & Boomsma, W., 2024. 36 s.

  Publikation: Konferencebidrag › Paper › Forskning

  Åben adgang

  Fil
  1 Citationer (Scopus)

  9 Downloads (Pure)

• SSEmb: A joint embedding of protein sequence and structure enables robust variant effect predictions

  Blaabjerg, L. M., Jonsson, N., Boomsma, W., Stein, A. & Lindorff-Larsen, K., 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 9 s., 9646.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
• 2023

  Adaptive Cholesky Gaussian Processes

  Bartels, S., Stensbo-Smidt, K., Moreno-Muñoz, P., Boomsma, W., Frellsen, J. & Hauberg, S., 2023, I: Proceedings of Machine Learning Research. 206, s. 408--452 44 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  14 Downloads (Pure)

• Implicit Variational Inference for High-Dimensional Posteriors

  Uppal, A., Stensbo-Smidt, K., Boomsma, W. & Frellsen, J., 2023, Advances in Neural Information Processing Systems 36 pre-proceedings (NeurIPS 2023). NeurIPS Proceedings, 24 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 36).

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  14 Downloads (Pure)

• Kernel-Matrix Determinant Estimates from stopped Cholesky Decomposition

  Bartels, S., Boomsma, W., Frellsen, J. & Garreau, D., 2023, I: Journal of Machine Learning Research. 24, s. 1-57 71.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  12 Downloads (Pure)

• Lysine deserts prevent adventitious ubiquitylation of ubiquitin-proteasome components

  Kampmeyer, C., Grønbæk-Thygesen, M., Oelerich, N., Tatham, M. H., Cagiada, M., Lindorff-Larsen, K., Boomsma, W., Hofmann, K. & Hartmann-Petersen, R., 2023, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 80, 6, 18 s., 143.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  4 Citationer (Scopus)

  15 Downloads (Pure)

• Phosphorylation of Schizosaccharomyces pombe Dss1 mediates direct binding to the ubiquitin-ligase Dma1 in vitro

  Jacobsen, N. L., Bloch, M., Millard, P. S., Ruidiaz, S. F., Elsborg, J. D., Boomsma, W., Hendus-Altenburger, R., Hartmann-Petersen, R. & Kragelund, B. B., 2023, I: Protein Science. 32, 9, 16 s., e4733.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  32 Downloads (Pure)

• Rapid protein stability prediction using deep learning representations

  Blaabjerg, L. M., Kassem, M. M., Good, L. L., Jonsson, N., Cagiada, M., Johansson, K. E., Boomsma, W., Stein, A. & Lindorff-Larsen, K., 2023, I: eLife. 12, 19 s., e82593.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  36 Citationer (Scopus)

  32 Downloads (Pure)
• 2022

  A context-dependent and disordered ubiquitin-binding motif

  Dreier, J. E., Prestel, A., Martins, J. M., Brøndum, S. S., Nielsen, O., Garbers, A. E., Suga, H., Boomsma, W., Rogers, J. M., Hartmann-Petersen, R. & Kragelund, B. B., 2022, I: Cellular and molecular life sciences : CMLS. 79, 9, 21 s., 484.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  10 Citationer (Scopus)

  61 Downloads (Pure)

• Learning meaningful representations of protein sequences

  Detlefsen, N. S., Hauberg, S. & Boomsma, W., 2022, I: Nature Communications. 13, 1, s. 1-12 1914.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  64 Citationer (Scopus)

  59 Downloads (Pure)
• 2021

  Developing and validating COVID-19 adverse outcome risk prediction models from a bi-national European cohort of 5594 patients

  Jimenez-Solem, E., Petersen, T. S., Hansen, C., Hansen, C., Lioma, C., Igel, C., Boomsma, W., Krause, O., Lorenzen, S., Selvan, R., Petersen, J., Nyeland, M. E., Ankarfeldt, M. Z., Virenfeldt, G. M., Winther-Jensen, M., Linneberg, A., Ghazi, M. M., Detlefsen, N., Lauritzen, A. D., Smith, A. G. & 15 flere, de Bruijne, M., Ibragimov, B., Petersen, J., Lillholm, M., Middleton, J., Mogensen, S. H., Thorsen-Meyer, H-C., Perner, A., Helleberg, M., Kaas-Hansen, B. S., Bonde, M., Bonde, A., Pai, A., Nielsen, M. & Sillesen, M., 2021, I: Scientific Reports. 11, 1, 12 s., 3246.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  55 Citationer (Scopus)

  294 Downloads (Pure)

• Single-particle diffusional fingerprinting: A machine-learning framework for quantitative analysis of heterogeneous diffusion

  Pinholt, H. D., Bohr, S. S. R., Iversen, J. F., Boomsma, W. & Hatzakis, N. S., 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 31, 7 s., e2104624118.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  39 Citationer (Scopus)

  70 Downloads (Pure)
• 2020

  Context Matters in Disorder Based Protein Communication

  Kragelund, B. B., Prestel, A., Wickmann, N., Martins, J., Boomsma, W., Staby, L., Hendus-Altenburger, R. & Skriver, K., 2020, I: Biophysical Journal. 118, 3, suppl. 1, s. 491A 2407-Plat.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › peer review

  Fil

• IDDomainSpotter: Compositional bias reveals domains in long disordered protein regions—Insights from transcription factors

  Millard, P. S., Bugge, K., Marabini, R., Boomsma, W., Burow, M. & Kragelund, B. B., 2020, I: Protein Science. 29, 1, s. 169-183 15 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang
  13 Citationer (Scopus)

• Orchestration of signaling by structural disorder in class 1 cytokine receptors

  Seiffert, P., Bugge, K., Nygaard, M., Haxholm, G. W., Martinsen, J. H., Pedersen, M. N., Arleth, L., Boomsma, W. & Kragelund, B. B., 24 aug. 2020, I: Cell Communication and Signaling. 18, 1, 30 s., 132.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  17 Citationer (Scopus)

  49 Downloads (Pure)
• 2019

  Barnaba: software for analysis of nucleic acid structures and trajectories

  Bottaro, S., Bussi, G., Pinamonti, G., Reisser, S., Boomsma, W. & Lindorff-Larsen, K., 2019, I: RNA. 25, 2, s. 219-231

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  50 Citationer (Scopus)

  156 Downloads (Pure)

• Random coil chemical shifts for serine, threonine and tyrosine phosphorylation over a broad pH range

  Hendus-Altenburger, R., Fernandes, C. B., Bugge, K., Kunze, M. B. A., Boomsma, W. & Kragelund, B. B., 2019, I: Journal of Biomolecular NMR. 73, 12, s. 713–725 13 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  25 Citationer (Scopus)

  161 Downloads (Pure)

• The PCNA interaction motifs revisited: thinking outside the PIP-box

  Prestel, A., Wichmann, N., Martins, J. M., Marabini, R., Kassem, N., Broendum, S. S., Otterlei, M., Nielsen, O., Willemoës, M., Ploug, M., Boomsma, W. & Kragelund, B. B., 2019, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 76, 24, s. 4923-4943

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  76 Citationer (Scopus)

  37 Downloads (Pure)
• 2018

  3D steerable CNNs: Learning rotationally equivariant features in volumetric data

  Weiler, M., Geiger, M., Welling, M., Boomsma, W. & Cohen, T., 2018, Proceedings of the 32nd International Conference on Neural Information Processing Systems. derc udg. NIPS Proceedings, Bind 2018. s. 10381-10392 12 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 31).

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › peer review

  229 Citationer (Scopus)

• Driving Structural Transitions in Molecular Simulations Using the Nonequilibrium Candidate Monte Carlo

  Kurut, A., Fonseca, R. & Boomsma, W., 25 jan. 2018, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 122, 3, s. 1195-1204

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  6 Citationer (Scopus)

• Monte Carlo Sampling of Protein Folding by Combining an All-Atom Physics-Based Model with a Native State Bias

  Wang, Y., Tian, P., Boomsma, W. & Lindorff-Larsen, K., 2018, I: Journal of Physical Chemistry B. 122, 49, s. 11174-11185

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  3 Citationer (Scopus)
• 2017

  Spherical convolutions and their application in molecular modelling

  Boomsma, W. K. & Frellsen, J., 2017, Neural Information Processing Systems 2017. Guyon, I., Luxburg, U. V., Bengio, S., Wallach, H., Fergus, R., Vishwanathan, S. & Garnett, R. (red.). NIPS Proceedings, 11 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 30).

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › peer review
• 2016

  A Monte Carlo study of the early steps of functional amyloid formation

  Tian, P., Lindorff-Larsen, K., Boomsma, W. K., Jensen, M. H. & Otzen, D. E., 2016, I: P L o S One. 11, 1, 18 s., e0146096.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  8 Citationer (Scopus)

  190 Downloads (Pure)

• Bayesian inference of protein ensembles from SAXS data

  Antonov, L. D., Olsson, S., Boomsma, W. K. & Hamelryck, T. W., 2016, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 18, 8, s. 5832-5838 7 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  48 Citationer (Scopus)

  204 Downloads (Pure)

• Bioinformatics analysis identifies several intrinsically disordered human E3 ubiquitin-protein ligases

  Boomsma, W. K., Nielsen, S. V., Lindorff-Larsen, K., Hartmann-Petersen, R. & Ellgaard, L., 2016, I: PeerJ. 4, 18 s., e1725.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  23 Citationer (Scopus)

  277 Downloads (Pure)

• Rapid expansion of the protein disulfide isomerase gene family facilitates the folding of venom peptides

  Safavi-Hemami, H., Li, Q., Jackson, R. L., Song, A. S., Boomsma, W. K., Bandyopadhyay, P. K., Gruber, C. W., Purcell, A. W., Yandell, M., Olivera, B. M. & Ellgaard, L., 2016, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 12, s. 3227-3232 6 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  44 Citationer (Scopus)

• Structure of the bacterial cytoskeleton protein bactofilin by NMR chemical shifts and sequence variation

  Kassem, M. M., Wang, Y., Boomsma, W. K. & Lindorff-Larsen, K., 2016, I: Biophysical Journal. 110, 11, s. 2342-2348 7 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  12 Citationer (Scopus)
• 2015

  Comparing molecular dynamics force fields in the essential subspace

  Martin-García, F., Papaleo, E., Gomez-Puertas, P., Boomsma, W. K. & Lindorff-Larsen, K., 2015, I: PLoS ONE. 10, 3, 16 s., e0121114.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  73 Citationer (Scopus)

  519 Downloads (Pure)

• ENCORE: Software for Quantitative Ensemble Comparison

  Tiberti, M., Papaleo, E., Bengtsen, T., Boomsma, W. K. & Lindorff-Larsen, K., 2015, I: PLoS Computational Biology. 11, 10, 16 s., e1004415.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  59 Citationer (Scopus)

  157 Downloads (Pure)

• Proteins, physics and probability kinematics: a Bayesian formulation of the protein folding problem

  Hamelryck, T. W., Boomsma, W. K., Ferkinghoff-Borg, J., Foldager, J. I., Frellsen, J., Haslett, J. & Theobald, D., 2015, Geometry driven statistics. Dryden, I. L. & Kent, J. T. (red.). Wiley, s. 356-376 21 s.

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review
  4 Citationer (Scopus)

• Structure of a functional amyloid protein subunit computed using sequence variation

  Tian, P., Boomsma, W. K., Wang, Y., Otzen, D., Jensen, M. H. & Lindorff-Larsen, K., 2015, I: Journal of the American Chemical Society. 137, 1, s. 22–25 4 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  87 Citationer (Scopus)

• What does evolution tell us about the structure of a functional amyloid protein?

  Tian, P., Boomsma, W. K., Wang, Y., Otzen, D. E., Jensen, M. H. & Lindorff-Larsen, K., 2015, I: Biophysical Journal. 108, 2, Supplement 1, s. 227a 1 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › peer review
• 2014

  Combining experiments and simulations using the maximum entropy principle

  Boomsma, W. K., Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, K., 2014, I: PLoS Computational Biology. 10, 2, 9 s., e1003406.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  152 Citationer (Scopus)

  704 Downloads (Pure)

• Conformational and aggregation properties of the 1-93 fragment of apolipoprotein A-I

  Petrlova, J., Bhattacherjee, A., Boomsma, W. K., Wallin, S., Lagerstedt, J. O. & Irbäck, A., 2014, I: Protein Science. 23, 11, s. 1559-1571 13 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  16 Citationer (Scopus)

• Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts

  Boomsma, W. K., Tian, P., Frellsen, J., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, T. W., Lindorff-Larsen, K. & Vendruscolo, M., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. 13852-13857 6 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  28 Citationer (Scopus)

• Formulation of probabilistic models of protein structure in atomic detail using the reference ratio method

  Valentin, J., Andreetta, C., Boomsma, W. K., Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Mardia, K. V., Tian, P. & Hamelryck, T. W., 2014, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 82, 2, s. 288-299 12 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  7 Citationer (Scopus)

• Probabilistic determination of native state ensembles of proteins

  Olsson, S., Vögeli, B. R., Cavalli, A., Boomsma, W. K., Ferkinghoff-Borg, J., Lindorff-Larsen, K. & Hamelryck, T. W., 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 8, s. 3484-3491 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  35 Citationer (Scopus)

• Robust estimation of diffusion-optimized ensembles for enhanced sampling

  Tian, P., Jónsson, S. Æ., Ferkinghoff-Borg, J., Krivov, S. V. ., Lindorff-Larsen, K., Irbäck, A. & Boomsma, W. K., 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 2, s. 543–553 11 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  10 Citationer (Scopus)
• 2013

  A sticky cage can slow down folding

  Boomsma, W. & Lindorff-Larsen, K., 2013, I: Biophysical Journal. 104, 5, s. 964-965 2 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
  1 Citationer (Scopus)

• Inference of structure ensembles of flexible biomolecules from sparse, averaged data

  Olsson, S., Frellsen, J., Boomsma, W. K., Mardia, K. V. & Hamelryck, T. W., 2013, I: PLoS ONE. 8, 11, 7 s., e79439.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  47 Citationer (Scopus)

  1504 Downloads (Pure)

• PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure

  Boomsma, W. K., Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, K. E., Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, J. H., Lindorff-Larsen, K., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, T. W., 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
  34 Citationer (Scopus)

• Phaistos user manual

  Boomsma, W., Bottaro, S., Hamelryck, T., Frellsen, J., Andreetta, C., Borg, M., Harder, T., Johansson, K. E., Stovgaard, K. & Tian, P., 2013, 90 s.

  Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Undervisning

• Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics

  Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, W. K., Lindorff-Larsen, K., Hamelryck, T. W. & Jensen, J. H., 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil
  19 Citationer (Scopus)

  2411 Downloads (Pure)
• 2012

  An efficient null model for conformational fluctuations in proteins

  Harder, T. P., Bottaro, S., Boomsma, W. K., Olsson, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, T. W., 2012, I: Structure. 20, 6, s. 1028-1039 12 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  8 Citationer (Scopus)

• Fast large-scale clustering of protein structures using Gauss integrals

  Harder, T. P., Borg, M., Boomsma, W. K., Røgen, P. & Hamelryck, T. W., 2012, I: Bioinformatics. 28, 4, s. 510-515 6 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  28 Citationer (Scopus)

• Probabilistic models of local biomolecular structure and their applications

  Boomsma, W. K., Frellsen, J. & Hamelryck, T. W., 2012, Bayesian methods in structural bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 233-254 22 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review

  Fil

• Subtle Monte Carlo updates in dense molecular systems

  Bottaro, S., Boomsma, W. K., Johansson, K. E., Andreetta, C., Hamelryck, T. W. & Ferkinghoff-Borg, J., 2012, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 8, 2, s. 695-702 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Fil
  21 Citationer (Scopus)
• 2011

  Efficient, non-disruptive local moves for Monte Carlo sampling of proteins

  Bottaro, S., Boomsma, W. K., Johansson, K. E., Andreetta, C., Hamelryck, T. W. & Ferkinghoff-Borg, J., 2011, Next Generation Statistics in Biosciences: Proceedings of the 30th Leeds Annual Statistical Research (LASR) Workshop. Mardia, K. V., Gusnanto, A., Riley, A. D. & Voss, J. (red.). University of Leeds, s. 127 1 s.

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferenceabstrakt i proceedings › Forskning

• Generative probabilistic models extend the scope of inferential structure determination

  Olsson, S., Boomsma, W. K., Frellsen, J., Bottaro, S., Harder, T. P., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, T. W., 2011, I: Journal of Magnetic Resonance. 213, 1, s. 182-186 5 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › peer review

  Fil
  15 Citationer (Scopus)